מדידה אוטומטית של תגובה סטומאטלית ב- Arabidopsis thaliana בתגובה למזרקי Pseudomonas pv. עגבניה זיהום DC3000

כדי להתחיל, חבר התקן הדמיה סטומטלית נייד למחשב המצויד בתוכנה לרכישת תמונה. השתמש פיסת נייר כדי להסיר בזהירות טיפות מים מן מזרקים Pseudomonas חיסונים עלים של צמח Arabidopsis thaliana . עכשיו לפתוח את הכיסוי העליון של המכשיר, להניח את העלה על הבמה, ולסגור את הכיסוי.

כוונן את המיקוד באמצעות בורג הכוונון ולחץ על שמור תמונה במחשב כדי ללכוד את התמונה. כדי לבצע מדידה אוטומטית של הצמצם הסטומטי, פתח את המחברת Google Colaboratory. לחץ על קובץ ואחריו שמור עותק בכונן כדי ליצור עותק מקומי ב- Google Drive.

כאשר כרטיסיה חדשה נפתחת, סגור את הכרטיסיה של המחברת המקורית. לחץ על לחצן הפעל תחת המקטע הגדרות סביבתיות במחברת כדי לייבא ספריות נדרשות מבלי לפתוח את גושי התא. במקטע הגדרות ספריות, צור שלוש תיקיות ב- Google Drive לניתוח.

העבר את התמונות שנרכשו לתיקייה example_result, וסווג אותן לפי טיפול או מדגם ליצירת גרף סופי. לחץ על הורד מודלים מאומנים כדי להוריד את קבצי ONNX של הדגמים המאומנים מ- Zenodo. מקם את הקבצים שהורדו בספריית הדגם.

הפעל את ההסקה והמדידה של חלק הצמצם הסטומטלי של המחברת כדי לכמת את הצמצם הסטומטלי מתמונות בודדות. התמונות המתקבלות עם היקש שכבת-על וה-example_result. קובץ CSV ייוצא לספריית inference_results.

הפעילו את המקטע 'יצירת תרשים' ליצירת גרף על יחס הצמצם הסטומטלי. יצא גרף זה לספריית inference_results. נצפתה ירידה בצמצם הסטומטלי בצמחים שחוסנו ל-Pto בהשוואה לצמחים שחוסנו בחיסון מדומה שעה לאחר החיסון.

שלוש שעות לאחר ההדבקה, הצמצם הסטומטלי הן בצמחים שחוסנו ב-Pto והן בצמחים שחוסנו בחיסון דמה היה כמעט זהה. מדידה אוטומטית של הצמצם הסטומטלי ארכה כחמש שניות לעיבוד תמונה אחת, וכתוצאה מכך זמן המדידה התקצר ב-95%.