כדי להתחיל את ספקטרומטר המסות, או כיול MS עבור LC-TIMS-TOF-MS/MS, פתח את תוכנת הבקרה TIMS, ותחת כרטיסיית המשנה כיול, לחץ על m/z, בחר כוונון מיקס מ- Dropbox ולחץ על כיול בפינה השמאלית התחתונה. המשך ללחוץ על כיול עד להשגת ציון של 100%. כעת בחר בכרטיסיה ניידות ובצע את אותם השלבים שהודגמו עד שתגיע לציון הכיול של 100%.
כדי ליצור כל נקודת כיול בעקומת הכיול, הקפיצו את התערובת הסטנדרטית הפנימית של השומנים ב-10 מיקרוליטר של תערובת סטנדרטית פנימית מפורקת. הכינו שבע דגימות ספייק כאלה לשבע נקודות כיול בטווח הרצוי. באמצעות תוכנת ניתוח הנתונים, הוסף הערות ידניות לשרשראות חומצות השומן בהתבסס על דפוסי MS/MS פסיביים.
כדי לקבוע את תיוג האיזוטופים היציבים, או יעילות SIL, חשב את היחס בין שטח האיזוטופים המכילים SIL לשטח האיזוטופים שאינם מכילים SIL. חישוב התבנית התיאורטית על ידי קביעת ההסתברות למצוא אטום מסומן בכל אתר. חישוב העשרת SIL על ידי התאמת פרופילי האיזוטופים הניסיוניים לתבנית התיאורטית המדומה בתוכנת ניתוח נתונים.
כדי להתחיל את הריצה, הפעל את תנור העמודים על ידי לחיצה על כפתור המדחום, והפעל את המשאבות על ידי לחיצה על כפתור השסתום. הגדר את שיטת MS לשיטה המתאימה שנשמרה קודם לכן. ודא שנפח ההזרקה הוא חמישה מיקרוליטר, וחבר את בקבוקון המטרה של מטרה אחת 20 לאחד, ושמור את רשימת הדגימות.
התחל את הרצף, ואשר הזרקה מוצלחת על ידי ההודעה המציינת מוזרק, המוצגת במערכת. העתק את השורה הראשונה, והדבק אותה למטה כדי ליצור שורה שתיים חדשה. אכלסו את קו שתיים בדגימות בהתאם לניסוי.
ודא שנעשה שימוש במיקום הנכון בדוגם האוטומטי. אם השלבים הניידים טריים, תחילה בצע בדיקת צורת שיא עם תקני תערובת השומנים של היצרן, כדי להשוות אותה לתוצאות קודמות. תערובת השומנים והסטנדרטים מוצגים על המסך.
ודא שלקווים חדשים יש את שיטת ההפרדה הנכונה, ולא את שיטת ההתניה מראש המשמשת בשורה הראשונה. ודא ששיטת MS שהוזנה נכונה. ודא ששיטת העיבוד הנכונה נטענת ושהתהליך האוטומטי מופעל.
שמור את הרשימה לדוגמה כדי להבטיח שהדוגמאות ינותחו לאחר סיום ההפעלה הנוכחית.