יצירת קימוגרף ומדידת אירועי הובלה בודדים בתולעת Caenorhabditis elegans חיה

כדי להתחיל, להקליט timelapse של GFP Rab3 אנדוגני באזור asynaptic של האקסון DA9 ב Caenorhabditis elegans חי. יבא את קובץ הנתונים timelapse לפיג'י. לאחר מכן בדוק תנועה או סחף קל של מקטע החיה או האקסון במהלך רכישת התמונה.

השתמש בתוסף StackReg עם אפשרות שינוי גוף קשיחה כדי לתקן כל תנועה או היסחפות. השתמש בכלי קו מקוטע והתאם את רוחב הקו כך שיתאים לקוטר האקסון. לחץ פעמיים עם לחצן העכבר השמאלי על סמל הקו המקוטע כדי לצייר קו לאורך מקטע האקסון לצורך ניתוח.

כעת באמצעות תוסף פיג'י KymoResliceWide, ליצור את kymograph, הגדרת ערך העוצמה המקסימלית על רוחב הקו בהגדרות הפרמטרים שלה. באמצעות הכלי קו ישר, עקוב אחר אירועי תעבורה בקימוגרף. עקוב אחר אירועי הובלה בודדים ושמור כל קו למנהל החזר ההשקעה.

בפיג'י, בחר פרמטרי מדידה כגון שטח, מלבן תוחם, ערך אפור ממוצע וקוטר Feret. לאחר מכן הדבק את טבלת התוצאות בגיליון אלקטרוני לצורך חישוב. הכפל את הרוחב ברזולוציה של המצלמה כדי לקבל את אורך הריצה במיקרומטרים.

כדי לקבוע את משך הזמן של אירוע תנועה, הכפל את הגובה בזמן הרכישה בין נקודות זמן רצופות. חשב את זמן ההשהיה כמשך הריצה בין שתי תנועות רצופות שבהן המהירות היא אפס. נרמול סך האירועים לאורך הכולל של הקימוגרף עבור מספר אירוע לדקה ומקטע אורך אקסון.

באמצעות כלי זווית החמוס, סווג אירועים להעברה אנטרוגרדית ונסוגה. עבור קימוגרפים שנוצרו על ידי ציור הקו המקוטע מפרוקסימלי לדיסטלי, השתמש בזווית Feret כדי לקבוע את הכיווניות של כל אירוע.