כדי להתחיל, לרכוש את התמונות של קטעי HCC immunostained. הורד ופתח את QuPath 0.4.3. קובץ exe במחשב.
צור תיקייה חדשה עם שם מתאים לארגון פרוייקטים של QuPath. לחץ על לחצן צור פרויקט בפינה השמאלית העליונה של התוכנה ובחר את התיקיה החדשה שנוצרה. לאחר מכן גררו תמונות סרוקות לחלון התוכנה QuPath.
לאחר הופעת חלון חדש, בחר הגדר סוג תמונה ולחץ על H-DAB, ולאחר מכן ייבא. כדי להציג את התמונות המיובאות, בדוק את הרשימה בחלון השמאלי של התפריט ולחץ פעמיים על תמונה כדי לפתוח אותה. בחר קובץ מהתפריט הראשי והמשך לשמור את התמונות כפרויקט.
בחרו בכלי המברשת או השרביט בתפריט הראשי כדי להוסיף הערות לאזור הגידול. במקרים של אזורי גידול לא רציפים, יש להוסיף הערות לכל אזור בנפרד. לחץ לחיצה ממושכת על מקש הבקרה בעת בחירת כל האזורים.
לאחר מכן לחץ לחיצה ימנית ובחר ערוך מרובים ובחר מזג שנבחר. לאחר מכן, לחץ על אוטומטי בתפריט הראשי ובחר הצג עורך סקריפטים. העתק את הסקריפט הנדרש, הדבק אותו בעורך הסקריפט ולאחר מכן לחץ על הפעל.
לחלופין, בחרו בכלי polyline מהתפריט הראשי כדי לשרטט גבול במדויק, המפריד בין קיני התאים הממאירים לבין הרקמה הלא-סרטנית הסמוכה. לאחר מכן בחר את הגבול מהתפריט הראשי, בחר אובייקטים, לחץ על ביאור ובחר הרחב ביאורים. הגדר את רדיוס ההרחבה ל- 500 מיקרומטר ובחר שטוח עבור מכסה הקו.
הפעל, הסר פנים וודא שההגבלה להורה מופעלת. עכשיו לחץ לחיצה ימנית על הביאור החדש שנוצר. בחר ערוך יחיד ובחר פיצול.
כדי לתת שמות לאזורים עם הערות כראוי, לחץ באמצעות לחצן העכבר הימני על הביאור ברשימה משמאל. בחר הגדרת מאפיינים והזן את השמות המתאימים לאזורי שוליים פנימיים וחיצוניים. הגדר את אזור הגידול הנותר כמרכז הגידול.
הרחבת שטח היקפי ברוחב 500 מיקרומטר בסמוך לשוליים החיצוניים כפי שהודגם קודם לכן. לניתוח פיקסלים מפורט, בחרו בכלי מלבן מהתפריט הראשי. לאחר מכן הוסף ביאורים לאזור, המקיף את כל סוגי הפיקסלים שיש להבחין.
לאחר מכן, נווט לתפריט הראשי. בחר נתח ולחץ על עיבוד מקדים. לאחר מכן לחץ על וקטור אומדן כתמים.
לאחר הפעלת עורך הכתמים החזותיים, בחר אוטומטי ולחץ על אישור. תן שם לווקטור הכתם המשוער H-DAB. עבור ניתוח פיקסלים, שיטה חלופית כוללת שימוש בכלי המלבן מהתפריט הראשי כדי להדגיש קטע קטן של גרעין מוכתם בהמטוקסילין.
לאחר מכן, גש לתפריט השמאלי ובחר תמונה. לאחר מכן לחץ פעמיים על כתם אחד ובחר כן. שוב, השתמש בכלי מלבן כדי להוסיף הערות לאזור קטן, המציג צביעה חיובית עם DAB.
לאחר מכן, בחר תמונה מהתפריט השמאלי ולחץ פעמיים על כתם שתיים, ואחריו כן. להערכת שבר השטח של תאי חיסון חיוביים מהתפריט הראשי, לחצו על האפשרות 'סיווג', בחרו 'סיווג פיקסלים' ולחצו על 'צור סף'. לאחר מכן, הגדר את הרזולוציה לגבוהה, בחר את ערוץ DAB והחל מסנן מראש של גאוס עם סיגמה של 0.5.
התאם את הסף בין 0.2 ל- 0.3. הגדירו פיקסלים מעל הסף כחיוביים ומתחת לסף כשליליים. לבחירת האזור, בחר ביאור כלשהו.
תן שם למסווג. לאחר מכן לחץ על שמור, מדוד ובסדר. כדי לתעד את הממצאים, העתק את התוצאות המוצגות בתפריט השמאלי והעבר אותן לגיליון אלקטרוני.
בחר מידה מהתפריט הראשי העליון כשיטה חלופית. לאחר מכן בחרו 'הצג מדידות הערות'. בחר העתק ללוח והדבק תוצאות אלה בגיליון אלקטרוני לקבלת רשומה מפורטת.
לבסוף, לחץ לחיצה ימנית על התמונה, נווט אל תצוגה מרובה ולחץ סגור מציג כדי לסגור את התמונה. חלבון CD117 נצפה בעיקר בקרומים הציטופלזמיים של תאים מעוגלים בסטרומה של הגידול ובחללים פארא-וסקולריים. תאים חיוביים ל- CD117 נצפו גם בקפסולות גידול ובאזורים paravascular של השוליים החיצוניים ואת paratumor.
חלבון NKp46 נצפה בעיקר בקרומים ציטופלזמיים של תאים מעוגלים בחללים דמויי סינוסואידים, הסטרומה של מרכז הגידול והשוליים הפנימיים. תאים חיוביים ל-Nkp46 נצפו בקפסולות סביב קיני גידולים וסטרומה של דרכי פורטל בשוליים החיצוניים ובאזורי הגידול. חלבון CD1a נצפה בעיקר בממברנות הציטופלזמיות של תאים מעוגלים, מפוזרים או בצברים בחללים דמויי סטרומה וסינוסואידים במרכז הגידול ובשוליים הפנימיים.
תאים חיוביים ל- CD1a נמצאו בסינוסואידים ובאפיתל המרה באזור הפרטומור.
