כדי להתחיל, לרכוש את התמונות confocal של עכבר היפוקמפוס פרוסות. לאחר פתיחת קובץ התמונה בתוכנת Neurolucida 360, לחץ לחיצה שמאלית על הכלי הזזה/נקודת ציר הממוקם בסרגל הכלים העליון של חלון סביבת התלת-ממד. לאחר מכן, לחץ לחיצה שמאלית על הדנדריט הרצוי כדי לקבוע את נקודת הציר החדשה.
לאחר מכן, לחץ לחיצה שמאלית על סמל הכיוון לאיפוס כדי לשחזר את התצוגה המקורית. לאחר מכן, לחץ שוב על הכלי הזזה/נקודת ציר כדי להמשיך לעקוב אחר הדנדריט. לחץ באמצעות לחצן העכבר הימני על כרטיסיית העץ בחלון סביבת תלת-ממד.
בחר User Guided" עבור מצב העקיבה וליבות הכיוון, כשיטה תחת אפשרויות עקיבה מונחות משתמש. להתחלת מעקב דנדריטים, לחץ לחיצה שמאלית על הדנדריט ברגע שמופיע גרעין עגול. לאחר מכן, הזז את הסמן לאורך המקטע הדנדריטי.
כדי להבטיח אוכלוסיית ליבה רציפה, הזז בעדינות את הסמן קדימה ואחורה מעל הדנדריט. לאחר מכן, לחץ באמצעות לחצן העכבר השמאלי כדי לאבטח את כל הגרעינים שזוהו. אם הגרעינים תופסים את האכלוס, לחץ לחיצה שמאלית במקום שבו ליבה מופיעה בהמשך הדנדריט כדי למקם אותה ידנית, ולחץ באמצעות לחצן העכבר הימני כדי להפסיק את העקיבה.
לחץ באמצעות לחצן העכבר השמאלי וגרור בתוך חלון הסביבה התלת-ממדית כדי לבדוק את דיוק העקיבה הדנדריטית בכל שלושת הממדים, גובה, פיהוק וגלגול. אתר נקודות שבהן עקיבה דנדריט סוטה מהנתיב המיועד. לתיקון אי-דיוקים במעקב הדנדריטים, נווט אל כרטיסיית העריכה הממוקמת בתפריט העץ.
לחץ לחיצה שמאלית על הדנדריט של עניין ולאחר מכן לחץ על נקודות כדי לבצע את ההתאמות הדרושות. לאחר מכן, העבר נקודות שמוקמו בצורה לא נכונה בחזרה לקטע הדנדריט, באמצעות לחיצה וגרירה. לחץ לחיצה שמאלית על הנקודה החיצונית כדי להסיר אותה ולאחר מכן לחץ על לחצן המחיקה.
אם הנקודות אינן מכסות כראוי את קטע הדנדריט, התאם את גודלן על ידי לחיצה שמאלית עליהן ושינוי העובי באמצעות המחוון. לאחר מכן, נווט אל הכרטיסייה עמוד השדרה בחלון סביבת התלת-ממד. הגדר את הגדרות הזיהוי עבור טווח חיצוני, גובה מינימלי וספירת ווקסל מינימלית.
התאם את רגישות הגלאי ל- 70% ולאחר מכן לחץ לחיצה שמאלית על זהה הכל"כדי לזהות קוצים בכל הדנדריטים בהתאם לרמת הרגישות שנקבעה. עבור בחירה ספציפית לדנדריט, קח את האפשרות לחץ על תמונה"כדי לזהות הכל על הענף הקרוב ביותר, ולחץ ידנית שמאלית על כל דנדריט כדי להחיל רגישויות שונות לגלאים. לאחר זיהוי קוצים, לחץ וגרור את הדנדריט לכל שלושת הכיוונים כדי לבחון את הכיסוי.
אם הקוצים שזוהו אינם מלאים, הגדל את רגישות הגלאי ב- 5% עד 10% ולחץ שוב על זהה הכל כדי להחליף אותם ברמת רגישות גבוהה יותר. אם זוהו קוצים מלאים יתר על המידה, הפחיתו את רגישות הגלאי ב-5% עד 10% ובחרו שוב באפשרות 'זהה הכל' כדי לעדכן את זיהוי עמוד השדרה ברגישות נמוכה יותר. לאחר מכן, לחץ באמצעות לחצן העכבר השמאלי על שמור על עמוד השדרה בכרטיסייה עמוד השדרה של סביבת התלת-ממד.
אם האפשרות Click image (לחץ על תמונה) כדי לזהות את כל הענפים הקרובים ביותר פעילה, הקפד לבטל את הבחירה בה. כדי להתמקד בדנדריט ספציפי לניתוח נוסף של עמוד השדרה, לחץ לחיצה שמאלית על Move Pivot Point" ולאחר מכן לחץ על הדנדריט הרצוי כדי להגדיר את נקודת הציר. לאחר הגדרת נקודת הציר, בטל את הבחירה באפשרות Move Pivot Point"זהה עמוד שדרה דנדריטי שנראה לא מלא.
הגדל את רגישות הגלאי ב- 10% עד 20% מעבר להגדרה הקודמת, ולחץ באמצעות לחצן העכבר השמאלי ישירות על עמוד השדרה. אם עמוד השדרה אינו מאוכלס, תופיע ההודעה "לא ניתן לזהות עמוד שדרה במיקום שנבחר". הגדל את רגישות הגלאי בהדרגה, שעלולה לעלות על 100% עד לזיהוי עמוד השדרה ומילוי הולם.
כדי לתקן עמוד שדרה שאינו מלא, עבור אל הכרטיסייה עריכה ולחץ עליה באמצעות לחצן העכבר השמאלי. בחר/י ״הסר״ ולאחר מכן בטל/י את הבחירה בכרטיסיה ״עריכה״. הגדל את הרגישות ב 5% עד 10% ולחץ שמאלי על עמוד השדרה שוב.
עבור עמוד שדרה עם מילוי יתר, נווט אל הכרטיסיה עריכה ובחר אותה. לחץ/י על ״הסר״ ולאחר מכן בטל/י את הבחירה בכרטיסיה ״עריכה״. הפחיתו את הרגישות ב-5% עד 10% ולחצו לחיצה שמאלית על עמוד השדרה.
בדוק את הדנדריט עבור כל עמוד שדרה שעשוי להיות שייך לדנדריטים שכנים, תוצאות חיוביות שגויות או מקטעים דנדריטיים שזוהו באופן שגוי כקוצים. השתמש בהסר"כדי למחוק אי דיוקים אלה. לאחר מכן, גשו לקוצים המזוהים על הדנדריט.
במקרים שבהם קוצים מרובים עשויים להופיע כממוזגים לקונגלומרט יחיד, גש לכרטיסייה עריכה, בחר את עמוד השדרה של הקונגלומרט ולחץ על הסתר בחירה"כדי להעריך. אם הדבר אושר, בכרטיסיה עריכה, בחר הצג בחירה" ולאחר מכן פצל כדי להפריד בין הקוצים. כאשר כל הקוצים מזוהים חזותית ומתוארים כראוי, עבור לכרטיסייה עמוד השדרה ובחר סווג הכל"כדי לסווג אותם לדק, פטריות, עקשן ופילופודיה.
לאחר השלמת כל הזיהויים והסיווגים של עמוד השדרה, בסרגל הכלים העליון של חלון הסביבה התלת-ממדית, בחר שמור והצג" ב- Neurolucida Explorer כדי לשמור את הנתונים שנאספו מהמעקבים. בחלון Explorer, נווט אל כרטיסיית התצוגה ולחץ באמצעות לחצן העכבר השמאלי בחר הכל"כדי להדגיש את כל הדנדריטים והקוצים. לאחר מכן, המשך לכרטיסייה נתח הממוקמת בסרגל הכלים העליון.
לחץ לחיצה שמאלית על התפריט הנפתח של המבנה ובחר ניתוח מבנה ענף"כדי להתחיל ניתוח מבני מפורט של הרכיבים המסומנים. לניתוח צפיפות עמוד השדרה ונפח עמוד השדרה הממוצע, בחר כל עץ וכל דנדריט. לאחר מכן, לחץ על Spines"ואחריו Spine Details"לחץ על אישור"כדי לבצע את הניתוח והתוצאות יוצגו בשני חלונות נפרדים.
