כדי להתחיל, פתח את מסד הנתונים הפרמקולוגיה של מערכות הרפואה הסינית המסורתית ואת פלטפורמת הניתוח. הזן את ההרכב הרפואי עבור Jiawei Shengjiang San, או JWSJS, והחל את קריטריוני הסינון. לאחר מכן באמצעות מסד הנתונים, אחזר את המטרות המתאימות למרכיבים.
השג את החומרים הפעילים של Bombyx batryticatus ו- Cicadidae Periostracum במאגרי הרפואה הסינית המסורתית וההרכב הכימי. לאחר בחירת תרכובות עם מספרי שירות מופשטים כימיים, הורד דיאגרמות מבנה דו-ממדיות של חומרים פעילים מ- PubChem. עם SwissADME, סנן את הרכיבים עם ספיגה גבוהה במערכת העיכול כדמיון תרופתי ששני הפריטים או יותר שלהם היו כן.
ייבא אותם למסד הנתונים לחיזוי חלבוני מטרה. ב- UniProt, הגדר את הסטטוס כנבדק ואת המין כאדם ותקנן את היעדים. חפש נפרופתיה סוכרתית, או DN, דרך מאגרי מידע שונים והשג את המטרות.
לאחר שילוב וביטול כפילויות. באמצעות תוכנת 4.2.0 שלנו, סנן את המטרות הנפוצות של JWSJS ו- DN כדי לצייר דיאגרמות Venn. ייבא את החומרים הפעילים ואת המטרות הפוטנציאליות של JWSJS לתוכנת Cytoscape 3.8.0 כדי לבנות דיאגרמת רשת יעד של רכיבי סמים הממחישה את הקשר בין תרופות, מרכיבים, מטרות ומחלות.
כדי לנתח את הגנים המצטלבים בפלטפורמת STRING, הגדר את המין להומו ספיינס ואת ציון האינטראקציה המינימלי הנדרש ליותר מ -0.9 לבניית הרשת באמצעות מצב ניתוח חלבונים מרובים. באמצעות Cytoscape 3.8.0, נתח את הרשת מבחינה טופולוגית וחשב את מרכזיות הבין, מרכזיות הקרבה, מרכזיות הדרגה, מרכזיות הווקטור העצמי, שיטה מבוססת קישוריות ממוצעת מקומית וערכי מרכזיות הרשת עבור כל צומת. לאחר מכן השג את מזהי יעדי הצומת עם orghs.eg.
חבילת DB. שימוש בפרופיל אשכול org.hs.eg. חבילות db, enrichplot ו- ggplot2, מבצעות ניתוחי העשרה.
סנן ניתוח העשרה של אונטולוגיה גנטית פונקציונלית על 10 הלהיטים הביולוגיים המובילים עם ערך p מתוקן קטן מ-0.05, ובחר 30 מסלולים מובילים עם ההעשרה הגבוהה ביותר עבור אנציקלופדיה קיוטו לניתוח גנים וגנומים. חפש במסד הנתונים PubChem כדי להשיג את קובץ SDF של המבנה הדו-ממדי של רכיבי הליבה של JWSJS. באמצעות תוכנת ChemBio3D Ultra 14.0, צור וייעל את מבנה התלת-ממד שלה.
שמור אותו בפורמט MOL2 כדי להשתמש בו כקובץ ליגנד. מצא והורד את פורמט PDB של המבנה התלת-ממדי של מטרות הליבה ממעבדת המחקר לביואינפורמטיקה מבנית מאגר נתוני חלבונים. באמצעות תוכנת PyMOL 2.4.0, הסר מולקולות מים וליגנדות ממבנה החלבון ושמור אותו כקובץ קולטן PDB.
ייבא את קובץ חלבון הקולטן לתוכנת AutoDock Tools 1.5.7 עבור הידרוגנציה והמר הן חלבון קולטן והן ליגנד מולקולות קטנות לפורמט PDBQT. הגדר כיס פעיל לחלבון קולטן עם מקדם ריווח מוגדר לאחד. באמצעות AutoDock Vina 1.2.0 עבור עגינה מולקולרית, לחשב את אנרגיית הקשירה.
הצג באופן חזותי את תוצאות העגינה באמצעות תוכנת PyMOL 2.3.0 ו- LigPlot 2.2.5. בצע חקירות מולקולריות דינמיות או MD על שלישיית קומפלקסים של ליגנדים נגזרים המבטיחים ביותר, והשתמש בסביבה מימית SBC עם נתרן כלורי מולרי 0.15. התחל שלב מזעור אנרגיה למשך 100 פיקושניות באמצעות פרמטרי ברירת המחדל של דזמונד.
להבטיח טמפרטורה ולחץ יציבים של 26.85 מעלות צלזיוס ו-1.01325 בר בכל מערכות הייצור באמצעות שרשרת Nose-Hoover ומתודולוגיות Martyna-Tobias-Kline. בצע את סימולציית MD במשך 100 ננו-שניות עם צעד זמן של שתי פמטושניות, והקלט את הקואורדינטות האטומיות בכל 100 פיקושניות. פתח את דיאגרמת אינטראקציות הסימולציה או מודול SID וטען לתוכו את קבצי נתוני תוצאות הסימולציה.
לאחר השלמת הניתוח, הצג ופרש את התוצאות בתוך ממשק מודול SID. להזריק את חיית קבוצת מודל עם הזרקה intraperitoneal של streptozotocin. לאחר 72 שעות, בדוק את רמות הסוכר בדם באמצעות דגימת דם של וריד הזנב.
שימו לב לשינויים ההיסטופתולוגיים בכליה של החולדה כדי לאשר את מודל ה-DN המוצלח. לאחר מכן לתת תרופות מתאימות לחולדה באמצעות gavage דרך הפה פעם ביום. אספו דגימות דם מאבי העורקים הבטני של החולדה המורדמת.
לבסוף, לאחר המתת חסד החולדה, לאסוף את הכליות לניתוחים ביוכימיים ומיקרוסקופיים. צביעת החומצה-שיף התקופתית הראתה כי לקבוצת המודל היו נפחים גלומרולריים גדלים, קרום מרתף מעובה ומטריצה מזנגיאלית מוגברת בהשוואה לקבוצה הרגילה. ביטויים פתולוגיים אלה הוקלו באופן משמעותי בכל קבוצת תרופות שניתנו.
מיקרוסקופ אלקטרונים תמסורת הצביע על כך שקרום המרתף הגלומרולרי בקבוצת המודל היה מעובה לעומת הקבוצה הנורמלית. ביטויים מיקרוסקופיים של חולדות בכל קבוצת ניהול הוקלו בהיקפים שונים לעומת קבוצת המודל. בהשוואה לקבוצת המודל, נצפתה ירידה משמעותית בביטוי של p-EGFR, p-MAPK3/1 ו-BAX, ועלייה בביטוי BCL-2 ברקמות הכליות של חולדות בכל קבוצת מינון בדרגות שונות.
