כדי להתחיל, קבל את השקופית המותקנת לדוגמה לאחר הזדקנותה. כדי לטפל במגלשה, טבלו אותה באופן סדרתי בצנצנות קופלין המכילות פתרונות מתאימים לזמן שצוין. לעכל את הרקמה עם 100 עד 200 מיקרוליטר של proteinase K מאגר העיכול, ולדגור בטמפרטורת החדר במשך דקה אחת.
כדי לעצור את העיכול, מיד לטבול את השקופית סדרתי לתוך פתרונות אתנול במשך שתי דקות כל אחד. יש למרוח את תערובת ההכלאה של FISH על השקף ולכסות את הדגימה בפתק כיסוי. הניחו את המגלשות על פלטה חשמלית, כגון מערכת הכלאה של חפיר מגלשה בטמפרטורה של 75 מעלות צלזיוס למשך שתיים עד חמש דקות.
לאחר מכן העבירו את המגלשה לפלטה חמה אחרת בטמפרטורה של 37 מעלות צלזיוס להכלאה למשך הלילה. לאחר מכן, טבלו את המגלשה במאגר הכביסה החם והסירו בזהירות את החלקת הכיסוי. שטפו והכתימו את המגלשה באמצעות ריאגנטים מתאימים בחושך.
טבלו במהירות את המגלשה במים נטולי יונים, למשך לא יותר משנייה אחת, והניחו אותה על מגבת נייר. לאחר הייבוש, טען את השקופית עם מדיית הרכבה נגד דהייה. הניחו את החלקת הכיסוי ואטמו אותה בלק לפני ההדמיה.
באמצעות עדשת שמן 60X, לכוד את האות הפלואורסצנטי בערימות Z מרובות. לבסוף, בצע הקרנה תלת-ממדית מקסימלית כדי להשיג את הרזולוציה הטובה ביותר ולהחיל deconvolution או אלגוריתמים אחרים לניקוי רקע. בדגימות סרטן השד הטריפל נגטיב, NUCLEAR FISH מראה בעיקר שתי נקודות נפרדות לכל גרעין, המייצגות את שני אותות ERBB2 שלה.
לעומת זאת, דגימות חיוביות ל-HER2 מציגות שפע של אותות FISH, המצביעים על דפוסים שונים של הגברה גנטית. בנוסף, חלק מהגרעינים בדגימות חיוביות ל-HER2 עשויים להציג אשכולות, דבר המרמז על רכזות דנ"א כרומוזומליות נוספות, המהוות מוקדים להגברת גנים מוגברת.
