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多くの天然変性タンパク質は、多くの細胞プロセスにとって重要な行動である、非常に動的な生体分子凝縮物の形成に関与することが示されています。ここでは、生細胞内の生体分子凝縮物中でタンパク質が互いに相互作用するダイナミクスを定量化するための1分子イメージングベースの方法を紹介します。
液-液相分離(LLPS)によって形成される生体分子凝縮物は、細胞組織と細胞機能の増加に重要であると考えられてきました。異常な凝縮は、がんや神経変性疾患を含む多くの疾患に関連しているため、生細胞におけるLLPSの特性評価も重要です。LLPSは、多くの場合、天然変性タンパク質間の選択的、一過性、および多価の相互作用によって引き起こされます。非常に興味深いのは、LLPSに関与するタンパク質の相互作用ダイナミクスであり、結合滞留時間(RT)、つまり凝縮物内で結合して過ごす時間の測定によってよく要約されます。ここでは、凝縮物内の特定のタンパク質の平均RTを測定できる生細胞1分子イメージングに基づく方法を紹介します。個々のタンパク質分子とそれらが結合する凝縮物を同時に可視化し、単一粒子追跡(SPT)を使用して単一分子の軌跡をプロットし、その軌跡をタンパク質と液滴の結合のモデルに当てはめて、タンパク質の平均RTを抽出します。最後に、この1分子イメージング法を適用して、オリゴマー化ドメインに融合した場合と融合していない場合のLLPS凝縮物におけるタンパク質の平均RTを比較した代表的な結果を示します。このプロトコルはLLPSに加わるあらゆる蛋白質の相互作用の原動力を測定することに広く適当である。
生体分子凝縮物が細胞組織や多くの細胞機能(転写制御1,2,3,4,5、DNA損傷修復6,7,8、クロマチン組織9,10,11,12、X染色体など)に重要な役割を果たしていることを示唆する研究が増えています不活性化13,14,15、および細胞内シグナル伝達16,17,18。さらに、生体分子凝縮物の調節不全は、癌19,20,21や神経変性疾患22,23,24,25,26を含む多くの疾患に関与しています。縮合物の形成は、一過性、選択的、多価のタンパク質-タンパク質、タンパク質-核酸、または核酸-核酸相互作用によって引き起こされることが多い27。特定の条件下では、これらの相互作用は、膜のない液滴中の特定の生体分子を局所的に濃縮する密度転移である液-液相分離(LLPS)につながる可能性があります。このような多価相互作用は、タンパク質の天然変性領域(IDR)によって媒介されることが多い1,28,29。分子レベルでのこれらの相互作用の生物物理学的特徴付けは、凝縮物が広範囲に広がっていることを考えると、多くの健康な細胞機能と異常な細胞機能を理解するために重要です。共焦点蛍光顕微鏡法に基づく技術、例えば、光退色後の蛍光回収率(FRAP)30,31,32は、凝縮物と周囲の細胞環境との間の分子交換が動的であることを定性的に示すために広く使用されてきましたが、凝縮物内の特定の生体分子の相互作用動態を定量化することは、従来の共焦点顕微鏡法や単一分子では一般的に不可能です特殊なデータ解析方法のない顕微鏡検査。このプロトコルで記述されている単粒子追跡(SPT)の技術は生きているセルの単一分子の顕微鏡検査33に基づいており、凝縮物内の特定の蛋白質間の相互作用の原動力を量化する独特で強力な用具を提供する。このような測定のためのSPTの読み出しは、凝縮物中の目的のタンパク質の平均滞留時間です。
プロトコルは、データ収集とデータ解析の2つの部分に分けることができます。イメージングデータ取得の最初のステップは、HaloTag34に融合した目的のタンパク質を細胞内で発現させることです。これにより、目的のタンパク質を2つの蛍光色素で標識することが可能になり、タンパク質分子の大部分は光活性化不可能な蛍光色素(例:JFX549 Halo ligand35)で標識され、それらのごく一部はスペクトル的に異なる光活性化可能な蛍光色素(例:PA-JF646 Halo ligand36)で標識されます).これにより、細胞内のすべての凝縮物位置の同時取得と、凝縮物への結合および非結合を行う目的タンパク質の単一分子動画の取得が可能になります。一方、同じ種類の細胞は、クロマチン上でほとんど動かないヒストンであるハロタグH2Bを安定的に発現するように改変されています。次に、細胞をPA-JF646 Haloリガンドで染色し、H2Bの1分子イメージングを可能にします。以下で詳しく説明するように、この実験では、目的のタンパク質の相互作用ダイナミクスを正確に定量化するために、光退色が寄与していることが説明されています。イメージング実験用の細胞は、清潔なカバーガラス上で培養し、HaloTagリガンドで染色し、生細胞イメージングチャンバーに組み立てる必要があります。そこから、2チャンネルイメージングと1分子検出が可能な全反射蛍光(TIRF)顕微鏡で、高傾斜積層光学シート(HILO)照明下でサンプルをイメージングします。次に、発光は2つのカメラに分割され、1つは凝縮物の位置を追跡し、もう1つは単一分子を追跡します。捕捉は、自由に拡散するタンパク質をぼかし、細胞内の安定な構造に結合するために移動性の低いタンパク質のみを捕捉するために、長い積分時間(数百msのオーダー)で行われる37。
データ解析の最初のステップは、確立された単一粒子追跡(SPT)アルゴリズム38,39を使用して、映画の各フレームにおける個々のタンパク質分子を局在化し、その局在化を、その検出可能な寿命にわたる各分子の軌跡に組み立てることである。次に、軌跡は、軌跡全体の分子の局在を対応する時間におけるすべての凝縮物の局在と比較することにより、凝縮物の内部の分子を表す分子を表す分子と凝縮物の外側の分子を表す分子を表す軌道に分類されます1。
次に、生存曲線(1 - CDF)が、すべての凝縮液内軌跡の長さを使用して生成されます。分子の見かけの平均滞留時間は、生存曲線をタンパク質結合の次の2成分指数モデルに当てはめることによって抽出されます。
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非特異的に結合した分子の割合としてAを、非特異的に結合した分子と特異的に結合した分子の観察された解離速度をそれぞれkobs,nsおよびkobs,sとする。これ以降は、kobs,s のみが考慮されます。蛋白質の解離 ktrue と蛍光色素の光退色 kpb の両方のダイナミクスは、 k obs,s に次のように寄与します。
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したがって、タンパク質解離の影響を単離するために、前述の細胞株におけるH2B-Haloの特異的解離速度が測定される。
H2Bは、クロマチンに安定して組み込まれ、単一分子の映画取得の時間スケールで最小限の解離を経験するタンパク質である37。その比解離速度は、PA-JF646 Haloリガンドの光退色速度に等しくなります。
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目的のタンパク質の平均凝縮物滞留時間 は、 次のようになります。
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Irgen-Gioro et al.40 の代表的な結果を示しており、オリゴマー化ドメインをIDRに融合させると、凝縮物中のIDRの滞留時間が長くなることを実証するためにこのプロトコルが適用されました。この結果は、付加されたオリゴマー化ドメインがLLPSを駆動するIDRの同型相互作用を安定化させることを示唆しています。原理的には、わずかに修正されたプロトコルを用いた同じ方法を適用して、あらゆるタイプの凝縮物の形成に関与する任意のタンパク質の同型または異型相互作用を特徴付けることができます。
1. 細胞内のタンパク質の標識
2. カバーガラスの作成
3. 顕微鏡用細胞の調製
注:細胞の汚染を防ぐために、バイオセーフティキャビネットでこのセクションの手順を実行してください。
4. 1分子イメージング
注:H2Bと目的タンパク質の両方の滞留時間を測定する独立した実験は、統計的に有意な結果を得るために、複数(≥3)日にわたって実施する必要があります。顕微鏡で細胞サンプルをイメージングする前に、0.1 μm染色ミクロスフェア(材料表)または同様のキャリブレーション標準試料を使用して、2台のカメラの位置を合わせます。
5. 1分子イメージングデータの解析
注: セクション 5 で使用されるパラメーターは、この実験に固有のものであり、例として含まれています。適切なパラメータは、ディスカッションに記載されている基準に従って選択する必要があります。
ここでは、Irgen-Gioro et al.40 の代表的な結果を示し、この SPT プロトコルを使用して、それぞれの自己組織化 LLPS 凝縮物における 2 つのタンパク質の相互作用ダイナミクスを比較しました。TAF15(TATAボックス結合タンパク質関連因子15)には、ヒト細胞で過剰発現するとLLPSを受ける可能性のあるIDRが含まれています。我々は、24サブユニットのオリゴマーを形成するFTH1(フェリチ?...
ここで紹介するプロトコルは、Irgen-Gioro et al.40 で調査されたようなシステム向けに設計されています。アプリケーションに応じて、プロトコルの一部のコンポーネント、例えば、蛍光標識細胞株の生成方法、蛍光標識システム、および使用するカバーガラスのスタイルを変更することができます。細胞内のタンパク質のハロータグ付けは、特定の実験に適している方法に応?...
著者は何も開示していません。
この研究は、米国国立科学財団大学院研究フェローシップ(助成金番号)の支援を受けました。DGE-1745301 (S.Y.)、Pew-Stewart Scholar Award(サウスカロライナ州)、Searle Scholar Award(サウスカロライナ州)、Shurl and Kay Curci Foundation Research Grant(サウスカロライナ州)、Merkin Innovation Seed Grant(サウスカロライナ州)、Mallinckrodt Research Grant(サウスカロライナ州)、Margaret E.Early Medical Research Trust 2024 助成金 (サウスカロライナ州)。サウスカロライナ州は、NIH/NCIの賞番号P30CA016042の支援も受けています。
Name | Company | Catalog Number | Comments |
0.1 µm TetraSpeck microsphere | Invitrogen | T7279 | Single-molecule imaging |
25 mm Diameter, #1.5 Coverslips | Marienfeld Superior | 111650 | Preparation of coverslips |
593/40 nm bandpass filter | Semrock | FF01-593/40-25 | Single-molecule imaging |
676/37 nm bandpass filter | Semrock | FF01-676/37-25 | Single-molecule imaging |
6-Well TC Plate | Genesee | 25-105MP | Preparation of cells for microscopy |
Cell Line: U-2 OS | ATCC | HTB-96 | Labeling of proteins in cells |
ConvertASCII_SlowTracking_css3 .m | Analysis of single-molecule imaging data: Available in Chong et al., 2018 | ||
Coverglass Staining Rack | Thomas | 24957 | Preparation of coverslips |
Deuterated Janelia Fluor 549 (JFX549) | Janelia Research Campus | Preparation of cells for microscopy | |
DMEM, Low Glucose | Gibco | 10-567-022 | Labeling of proteins in cells: Growth media used: DMEM with 5% fetal bovine serum, 1% penstrep |
Eclipse Ti2-E Inverted Microscope | Nikon | Single-molecule imaging | |
Ethanol 200 Proof | Lab Alley | EAP200-1GAL | Preparation of coverslips |
evalSPT | Analysis of single-molecule imaging data: Available in Drosopoulos et al., 2020 | ||
Fetal Bovine Serum | Cytiva | SH30396.03 | Labeling of proteins in cells: Growth media used: DMEM with 5% fetal bovine serum, 1% penstrep |
Fiji | Analysis of single-molecule imaging data | ||
Ikon Ultra CCD Camera | Andor | X-13723 | Single-molecule imaging |
Longpass dichroic beamsplitter | Semrock | Di02-R635-25x36 | Single-molecule imaging: Red/Far Red beamsplitter |
LUN-F Laser Unit | Nikon | Single-molecule imaging: 405/488/561/640 | |
MatTek glass-bottom dish | MatTek | P35G-1.5-20-C | Preparation of cells for microscopy: 35 mm, #1.5 coverslip dish for cell culture. |
NIS-Elements | Nikon | Single-molecule imaging: Microscope acquisition software | |
nucleus and cluster mask_v2.txt | Analysis of single-molecule imaging data: Available in Chong et al., 2018 | ||
Penicillin-Streptomycin | Gibco | 15-140-122 | Labeling of proteins in cells: Growth media used: DMEM with 5% fetal bovine serum, 1% penstrep |
Phosphate Buffered Saline | Thermo Fisher Scientific | 18912014 | Labeling of proteins in cells |
Photoactivatable Janelia Fluor 646 (PA-JF646) | Janelia Research Campus | Preparation of cells for microscopy | |
PLOT_ResidenceHist_css.m | Analysis of single-molecule imaging data: Available in Chong et al., 2018 | ||
Potassium Hydroxide | Mallinckrodt Chemicals | 6984-06 | Preparation of coverslips |
pretracking_comb.txt | Analysis of single-molecule imaging data: Available in Chong et al., 2018 | ||
SLIMfast | Analysis of single-molecule imaging data: Available in Teves et al., 2016 | ||
Stage-top incubation system | Tokai Hit | Single-molecule imaging: For live-cell imaging | |
TwinCam dual emission image splitter | Cairn Research | Single-molecule imaging | |
Ultrasonic Cleaner | Branson | 5800 | Preparation of coverslips |
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