DNAオリガミ構造をワンポットで自己組織化するには、まず、15ミリモルの塩化マグネシウムを添加したTAEバッファー中で、2.5ナノモルの円形足場鎖M13mp18と100ナノモルの201ショートオリゴヌクレオチドステープルの混合物を調製します。次に、超純水を使用して溶液の総量を100マイクロリットルに調整します。温度勾配を使用してサーモサイクラーで溶液をアニールします。
摂氏80度に急速に加熱することから始め、表示された温度勾配プログラムを段階的に実行します。余分なステープルから混合物を精製するには、100マイクロリットルのDNAオリガミ溶液を100キロダルトンの分子量カットオフアミコンフィルターに加えます。続いて400マイクロリットルの超純水を加える。
次に、室温で8分間6, 000Gで遠心分離します。遠心分離後、フィルターを取り外し、チューブを裏返してろ液を廃棄します。前述のように、400マイクロリットルの超純水をフィルターと遠心分離機に加えます。
精製したナノ構造体溶液を回収した。新しいチューブでフィルターを逆さまにし、製造元の指示に従って室温で2分間1, 000Gで遠心分離します。DNA折り紙フォークの適切な組み立ては、原子間力顕微鏡またはAFMイメージングを使用して保証されました。
予想通り、ほとんどのフォークは腕が折れずにしっかりしていました。しかし、アーム間のブリッジは、直径が小さく柔軟性が高いため、画像化が困難でした。
