Preparation of FFPE DNA and RNA Samples for Sequencing Using an Automated Purification Instrument (API)

まず、ホルマリン固定パラフィン包埋またはFFPEのDNAおよびRNAサンプルを切断します。自動精製装置または API 装置をオンにし、ユーザー名とパスワードでサインインします。次に、Integrated Genomic Viewerソフトウェアの「samples」で、「Create Samples」をクリックし、サンプル名を入力し、アプリケーションカテゴリを選択します。

サンプルの詳細を入力したら、「保存」をクリックし、「次に実行を選択」をクリックし、「サンプルから結果へ」をクリックし、「次へ」をクリックする前に実行名を入力します「アッセイを選択し、目的のサンプルを選択して「次へ」をクリックします各サンプルを選択したら、「割り当て」をクリックし、溶出パラメーターを確認して実行を保存します。FFPE組織サンプルとサンプル処理チューブを配置します。チューブを 2 , 000 G で 1 分間遠心分離します。

核酸精製キットから調製したプロテアーゼ消化マスターミックスをチューブに加えます。サンプルを摂氏60度で1時間インキュベートした後、摂氏90度で1時間インキュベートします。サンプルを冷却した後、サンプル処理チューブのインナーチューブを持ち上げ、左に回してロックします。

インナーチューブを 2 , 000 G で 10 分間遠心分離します。次に、右に曲がってチューブを他のチューブから分離して、チューブのロックを解除します。内側のチューブを廃棄し、外側のチューブを API にロードするまで氷の上に置きます。

DNA消化マスターミックスを調製し、プレフィルドFFPE DNAおよびRNA精製プレート2にロードします。調製したサンプルをFFPE DNAおよびRNA精製プレート1にロードします。API画面で[Run]をクリックし、実行計画を選択して[Next]をクリックします画面の指示に従って、精製実行に必要な消耗品と試薬をロードします。

すべての試薬がロードされたら、[次へ]をクリックし、[API ドアを閉じて開始]をクリックし、分析を終了し、[アンロード]をクリックし、精製された DNA と RNA を含む 48 ウェル核酸アーカイブプレートを直ちに取り外します。サンプル精製終了後、プレートを密封し、マイナス80°Cで保管してください。