Bone Mask Generation from 3D Slicer Generated File and Statistical Analysis of Identified Bone Erosion in Rheumatoid Arthritis Patients

まず、3Dスライサーソフトウェアを起動します。特定された骨浸食部位の画像入力については、3D スライサー ウィンドウの [データ] というラベルの付いたボタンをクリックします。次に、[ファイルの選択]を押して個々の画像を追加し、ファイルを追加するための場所を見つけます。

画像のディレクトリ全体を一度にインポートするには、[追加するディレクトリを選択]オプションを押してから、目的のディレクトリを検索して挿入します。次に、3Dスライサーのツールバーのドロップダウンメニューをクリックします。ボーン解析モジュールにカーソルを合わせ、Automatic Maskをクリックします。

Step 2 Automatic Maskタブで、input volumeドロップダウンメニューから入力ボリュームを選択します。出力セグメンテーションのドロップダウンメニューで[Create New Label Map Volume]を選択します。別の出力ラベルが望ましい場合は、[Create New Label Map Volume As] をクリックして、目的のラベルを指定します。

指定されたテキストボックスにマスクするボーンの数を入力し、アルゴリズムのドロップダウンメニューからORMRまたはDual Thresholdを選択します。Get Maskをクリックしてアルゴリズムを実行し、対応する画像ディレクトリに結果を出力します。画像に複数のボーンが含まれている場合は、ボーンごとに個別のマスクが保存されます。

バイナリ マスクを 3D スライサーにインポートするには、マスク ファイルを BAM フォルダーにある load masks ディレクトリにコピーします。3Dスライサーウィンドウに戻り、[ステップ3:手動修正]タブをクリックします。マスク ファイルを読み込み、スライサー セグメンテーションに自動的に変換するには、[読み込み] をクリックします。

マスクに変更を加えるには、「手動補正」タブにあるツールを使用します。統計解析を開始するには、ツールバーのドロップダウンメニューから侵食体積モジュールをクリックします。イメージとそれに対応するマスクを読み込みます。

入力画像とマスクを選択し、出力セグメンテーションを作成して、エロージョン上にシード ポイントを配置します。[侵食を取得] ボタンをクリックして、侵食測定アルゴリズムを開始します。自動的に検出された侵食体積のサイズと形状が不十分な場合は、[ステップ5手動修正]タブで手動で編集します。

次に、[ステップ6統計]というラベルの付いたタブをクリックして、コンピューターデータをスプレッドシートファイルにエクスポートします。次に、[Input Erosions] というラベルの付いたドロップダウン メニューに侵食量を入力します。次に、グレースケール画像とそのボクセル幅(ミリメートル単位)をマスターボリュームメニューの下のテキストボックスに入力します。

[Get Statistics] をクリックして、BAM フォルダにある Erosions Output Data Directory にスプレッドシート ファイルを生成します。