Mac OSXプラットフォームでSCRAPのインストールを開始する前に、ターミナルでコマンドwhich gitを実行してGitの存在を確認します。Miniconda のインストールを確認するには、ターミナルに「which conda」と入力します。Miniconda をインストールするには、Windows、Mac OS、Ubuntu にインストールする手順については、Meffert Lab GitHub リポジトリのプラットフォーム セットアップ マークダウン ファイルを参照してください Mac システムの場合は、Home Brew Package Manager を使用して、brew install miniconda コマンドを使用して Miniconda をインストールします。
Conda をインストールするには、使用中のシェルを指定して conda init を実行し、シェルを閉じてから再度開きます。インストールが成功すると、ターミナルセッション内でアクティブ化された基本環境が表示されます。次に、指定されたgit cloneを実行して、SCRAPソースコードの最新のコピーを取得します。
Conda の改良されたパッケージ ソルバーである Mamba をインストールします。次のコマンドを使用して、SCRAP_environment から SCRAP のすべての依存関係をインストールします。yml を独自の Conda 環境に追加します。
次に、SNC RNA mRNA 相互作用が SCRAP について分析される生物に固有の、指定された bash スクリプトを使用します。SCRAPソースフォルダのディレクトリを指定し、FASTAフォルダと注釈フォルダ内のファイルを使用してインストール手順を実行します。ディレクトリ パスが完全で、スラッシュで終わっていることを確認します。
ReadMe の表を参照してください。md は正しい miRBase 種の略語です。更新された参照ゲノムについては、UCSC Genome BrowserまたはNCBI Genome Data Hubを使用してください。
対応する species.annotation を調べます。SCRAPソースフォルダの注釈ディレクトリ内のベッドファイル。別の種を分析する必要がある場合は、指定されたファイルを提供してください。
依存関係とSCRAPをインストールした後、指定されたスクリプトを使用して、指定されたコマンド構造でSCRAP分析を開始します。サンプルディレクトリへのフルパスを省略せずにリストし、サンプル名と一致するフォルダー名でサンプルディレクトリをフォーマットします。リストされているパスは、個々のサンプルフォルダやファイルではなく、すべてのサンプルフォルダを含むディレクトリにつながることを強調します。
次に、アダプター ファイルへのパス全体を一覧表示します。アダプター・ファイル内のサンプル名が、前述のフォルダー名およびファイル名と一致することを確認します。サンプルタイプ(ペア末端または単末端)を指定し、pre-mRNA、tRNA、およびオプションでRNAクリーニング用のRNAフィルターの選択を明記します。
参照ディレクトリへのパス全体を一覧表示します。miRBaseの略称と参照ゲノムの略称。
