SCRAP を実行した後、指定されたスクリプト コマンドを使用してピーク呼び出しを実行します。サンプル・フォルダーとアダプター・ファイルを含むディレクトリーへのフル・パスをリストします。次に、シーケンシングリードの最小数や、ピークを認識するために必要な個別のシーケンシングライブラリの数など、ピークコールの基準を定義します。
シード配列を共有し、重複する遺伝子ターゲットに結合できるmiRNAに関連する、同じファミリーのsncRNAがピークに寄与する必要があるかどうかを示します。次に、参照ディレクトリへのフルパス、MIR塩基の略称、および参照ゲノムの略称を指定します。ピーク呼び出しの後、ピーク注釈スクリプトを実行します。
結果のピークへのフルパスを指定します。ピークからのベッドは、参照ディレクトリとアノテーション用の目的の種に呼び出します。samtools merge を使用して、必要なすべての bam ファイルをマージし、結合された視覚化を容易にします。
次に、samtools sort を使用して、merged を行ごとにソートします。bam ファイル。ソートされたインデックス。
SAMツールインデックスを使用してBAMファイルを作成し、ゲノム可視化ツールに必要なバイナリSAMToos形式のインデックスファイルを生成します。最後に、統合ゲノミクスビューアで、ソートされたものを開きます。bam とインデックス付きです。
ファイルごと。以前に発表されたシーケンシングデータセットにSCRAPの修正版を適用したところ、イントロン領域とのmiRNA相互作用の減少が明らかになりました。この減少は、SCRAPによるピークコールを通じて信頼度の高い相互作用を分離した後に観察されました。
