シロイヌナズナ苗におけるクロロフィル蛍光のデータ抽出と解析

すべてのラウンドを実行し、シロイヌナズナの苗木の蛍光画像を撮影した後、分析装置ソフトウェアで実験データを開きます。トレイマスクを生成するには、新しいトレイタイプの作成オプションをクリックします。次に、ラウンドで画像番号を選択し、画面上部の[画像の読み込み]をクリックします。

新しい図形モードに入るには、さまざまな図形描画ツールを表すボタンのセットのいずれかをクリックします。プレート イメージに対象領域を描画します。プレート上のさまざまな遺伝子型を選択し、それらに適切な名前を付けます。

esceをクリックし、形状モードを終了します。次に、「トレイ・タイプの保存」をクリックして、生成されたトレイ・マスクを保存します。次に、[トレイタイプによる変更]オプションに移動し、生成されたマスクを選択します。

植物マスクを高精度に生成するには、180分の測定後に取得した画像を使用します 蛍光シグナル強度の最小閾値を設定するには、自動閾値からチェックマークを削除します。手動しきい値をゼロに設定し、プレビューをクリックします。次に、ラウンド91を選択します。

refresh previewをクリックし、配列マスクがプレート画像上のすべての遺伝子型をカバーしているかどうかを確認します。画像の背景を調整し、カラーオプションを使用してプレート画像上のトレイマスクを強調表示します。runをクリックし、ラウンド91のみにチェックを入れ、解析を開始します。

フィニッシュメニューが画面に表示されたら、実行されたラウンドを選択し、[アナライザーの切り替え]をクリックしてデータを分析し、この特定の時点のデータをエクスポートします。次に、エクスポートパーツを開くアイコンをクリックして、エクスポートされたアーカイブからファイルを抽出します。ローカル解析設定モードから、新規トレイタイプ作成をクリックし、マスクビルダーメニューに入ります。

次に、[画像の読み込み]をクリックし、ラウンド4を選択します。画面右上の「ファイルから読み込む」をクリックし、XSELファイルを読み込みます。トレイマスクが適用されたプレートの画像が表示されます。

植物マスクの名前を入力し、[トレイの種類を保存]をクリックします。植物マスクを適用するには、[トレイタイプによる変更]オプションで名前を選択します。次に、自動しきい値のチェックを外して、手動でしきい値を操作できるようにします。

プレビューメニューで、生成された植物マスクが各遺伝子型の関心領域に完全に適合するまで、しきい値の値を低から高に変更します。次に、最後のラウンドを選択して、マスクが測定のすべてのラウンドに適合するかどうかを確認します。すべての測定ラウンドの解析を実行するには、runをクリックし、start analysisをクリックします。

6-ベンジルアミノプリンの存在下での対照条件と比較して、野生型シロイヌナズナの苗木におけるクロロフィル合成の指数関数的段階で顕著な違いが観察されました。