まず、短時間の遠心分離により、解剖したショウジョウバエの脳からPBSを除去します。次に、600マイクロリットルのRNA溶解バッファーをサンプルに加え、プラスチック製の乳棒で10回均質化します。実体顕微鏡でチューブを検査し、完全に溶解します。
1000 G、摂氏4度で5分間遠心分離し、組織の破片を除去します。透明化した上清を新しい微量遠心チューブに移します。メーカーの指示に従って、RNA micro prep kit を使用して RNA を単離します。
S2細胞の場合は、PBSを除去し、RNAを単離します。260ナノメートルと280ナノメートルの光学濃度比を測定することにより、RNAの純度と量を決定します。電気泳動用のサンプルを調製するには、RNAサンプルを40ナノグラム/マイクロリットルに希釈し、RNAローディング色素を添加します。
サンプルを摂氏70度で5分間加熱します。アガロースゲルに、RNAラダーとサンプルをロードします。MOPSバッファー中で100ボルトで60分間電気泳動を行い、UVトランスイルミネーターでゲルを可視化します。
ショウジョウバエ幼虫の脳から単離されたRNAをアガロース電気泳動で可視化したところ、約600ヌクレオチドに単一のRNAバンドが見られ、RNAが無傷で調製されていることが示されました。