染色されたマウス新生児脳サンプルのマイクロCTスキャン画像の処理

まず、画像処理ソフトウェアを起動し、ファイルを選択してからデータを開き、以前に生成されたドットBMP形式のマイクロCTスキャン画像を選択します。画像読み取りパラメータのウィンドウが開いたら、パラメータを確認し、正しければ受け入れます。メインパネルで、プロジェクトビューをクリックして、ドットBMPファイルの名前で作成された新しいオブジェクトを見つけます。

作成したオブジェクトを右クリックし、オルソスライスオプションを選択し、作成をクリックします。プロパティ(properties)で、表示する方向平面とスライス番号を選択します。メインパネルで頭部全体の3Dボリュームを取得するには、プロジェクトビューに移動し、画像オブジェクトを右クリックし、インタラクティブなしきい値オプションを選択して、作成をクリックします。

プロパティで、動物の頭部に対応する画像の部分が選択されるまで、最小しきい値RGBと最大しきい値RGBの値を変更します。次に、 [適用] を選択します。プロジェクトビューの下に作成された閾値オブジェクトを右クリックします。

プロパティで等値面を選択し、サーフェスを可視化するしきい値を選択して、適用をクリックします。ランドマークをデジタイズするには、プロジェクトビューを右クリックし、オブジェクトの作成を選択し、ポイントとライン、ランドマークの順に選択して、作成をクリックします。次に、新しいオブジェクトのランドマークを右クリックします。

ランドマークビューを選択し、作成をクリックします。[サイズ] で、ポイント サイズを変更します。プロパティにランドマークを追加するには、編集モードで [追加] を選択します。

中脳皮質の交点にある次のランドマークまで曲線の周囲に均等に分布した 5 つのポイントをデジタイズし、皮質の周囲の 8 つの半ランドマークをデジタイズします。デジタイズされたポイントを保存するには、オブジェクトのランドマークを右クリックして[データの保存]を選択します。頭脳をセグメント化するには、プロジェクトビューを右クリックし、オブジェクトを作成してから、画像とフィールドを選択してから、フィールドにラベルを付けます。

createをクリックします。ラベルフィールドオブジェクトを選択し、プロパティのセグメンテーションエディターオプションを押します。マテリアル(Materials)で、新しいマテリアルを追加し、名前を「brain」に変更します。

選択で、現在のスライスを選択して、各スライスの脳に対応する組織をセグメント化します。ツールでは、魔法の杖とブラシを使用して、各スライスの脳組織を選択します。次に、選択の下で、追加を押します。

プロジェクトビューに戻り、ラベルフィールドを右クリックして[サーフェスの生成]を選択し、[適用]をクリックします。サーフェスを取得したら、サーフェスの抽出を適用してエクスポートします。マイクロCTスキャンでは、新生児マウスの脳は小さいにもかかわらず、嗅球、皮質、中脳、小脳、後脳などの解剖学的構造を区別することができます。

脳全体を手作業でセグメンテーションした結果、新生児の脳の3Dモデルが再構築されました。