肛門湿疹における薬物成分疾患標的ネットワークの構築、GOおよびKEGGエンリッチメント、GEO遺伝子チップデータセット解析

1 まず、デスクトップでCytoscape 3.9.1ソフトウェア2を起動し、肛門湿疹のコアタンパク質を含むtsvファイル3をインポートします。 4 コントロールパネルのスタイルバーをクリックします 5 ネットワークノードの色、フォント、サイズを最適化します。 6 ネットワークトポロジー解析には、7 解析ネットワーク機能を使用します。

8 ハブ遺伝子を取得するには、CytoHubba 9を使用して、薬物成分疾患標的ネットワークを確立します。10 MetascapeのWebサイトを開きます。11 ファイルを選択するか、遺伝子リストをダイアログボックス12に貼り付けて、送信ボタンをクリックします。

13次に、種14としての入力と種としての分析、15の両方でH.sapiensを選択し、カスタム分析機能を有効にします。16 濃縮オプションでは、17 GO分子機能、GO生物学的プロセス、18 GO細胞成分、およびKEGG Pathwayデータベースを選択します。19 選択的GOクラスターを選択し、20 エンリッチメント分析ボタンをクリックします。

21 プログレスバーが完了したら、22 分析レポートページを開始し、23をクリックしてエンリッチメント結果を取得する。24 GEO2Rツールを開いて、GEO遺伝子チップデータベースを検索し、25を分析します。26 GEOデータベースのウェブサイトを開きます。

27次に、キーワードまたはGEOアクセッション28を入力し、検索ボタンをクリックします。29 最も一致する結果、30を選択し、参照系列を見つけます。31 GEO2Rツールのウェブサイトで、32 GEOアクセッションボックス33に参照シリーズを入力し、設定ボタンをクリックしてください。

34 実験群としてアトピー性皮膚炎を選択し、35 対照群としてノンアトピー性制御を選択します。36 [分析]ボタンをクリックして、結果が表示されるのを待ちます。37 59の主要ターゲットのKEGGとGOの濃縮分析 38は218の経路と3, 000以上の生物学的プロセスを特定し、39はSDGと肛門湿疹の重要な経路を強調しました。

40 生物学的プロセス、細胞組成、41および分子機能42に関するGO分析は、SDGと肛門湿疹における共通の標的を強調した。43 関連する生物学的機能には、ペプチジル-チロシン44のリン酸化と細胞-細胞接着の調節が含まれていました。