まず、キサンタチンとKeap1の結晶構造をダウンロードしてください。構造を処理した後、2つのタスクをナビゲートし、リガンドドッキングオプションを選択します。ファイルからレセプターグリッドを選択し、[参照]をクリックします。
次に、デスクトップをクリックし、分子ドッキングフォルダーを開き、glide-grid2FLUファイルをダブルクリックします。glide-grid 2FLU zipファイルを選択して、Openをクリックします。次に、ファイルからのリガンドを使用をクリックします。
次に、[参照]をクリックして[デスクトップ]を選択します。分子ドッキングフォルダーを選択し、ligprep_1ファイルを開きます。その後、ligprep_1-out-maegzファイルを選択し、[開く]をクリックします。
[設定]にアクセスし、精度をXP、追加精度、オプションを選択します。ジョブ名を glide に変更します。xp2fluと入力し、[実行]をクリックします。
ドッキング結果を表示するには、ファイルをクリックし、構造のインポートオプションを選択します。デスクトップに移動し、分子ドッキングフォルダーを開きます。その後、グライドドックXP2FLUファイルを選択します。
グライドドックXP1pvを選択します。maegz ファイルを開き、[開く] をクリックします。次に、ワークスペース内のドットをダブルクリックして、リガンドを選択します。
[sitemap_1_protein] を選択します。表をクリックし、右端にスライドしてドッキングスコアを表示します。2D 結果を視覚化するには、前に示したように [sitemap_1_protein] を選択します。
Ligand Interaction をクリックし、View を選択して LID legend ボックスにチェックを入れます。次に、をクリックします フィレット、選択 スクリーンショットを保存、幅に6, 000を入力します。透明な背景ボックスのチェックを外して、[OK]をクリックします。ファイルを 2D-xanthatin-2FLU という名前でデスクトップに保存します。
分子ドッキング解析により、キサンタチンとKeap1タンパク質の相互作用が予測されました。
