まず、2ミリリットルのチューブの重さを量り、初期重量をw0として記録します。共培養したシロイヌナズナの根組織を採取し、滅菌水で3回洗浄します。根を濾紙の上に置き、余分な水分を取り除きます。
根を事前に計量したマイクロ遠心チューブに移します。チューブで根の重さを量り、w1として記録します。次に、1ミリリットルのPBSをチューブに加え、最高速度で8分間ボルテックスします。
根にコロニーを形成した細菌細胞を含む懸濁液を1 x 10から負の1番目、1 x 10から負の5番目まで希釈します。希釈した細菌懸濁液をLuria-Bertani寒天プレートに広げ、摂氏37度で10時間インキュベートします。インキュベーション後、Luria-Bertani寒天プレート上の細菌コロニーを数えます。
対応する希釈に従ってコロニー形成単位を計算し、根の新鮮な重量でデータを正規化して、根のグラムあたりにコロニーを形成した細菌細胞の数を取得します。接種後2日で、Bacillus velezensis野生型SQR9と派生変異体であるデルタ8mcpのコロニー形成は、デルタ8mcpの有意な根コロニー形成の減少を示し、細菌のコロニー形成の測定におけるこの条件と方法の有効性を示唆しています。