まず、伝統的な漢方薬システム薬理学データベースと分析プラットフォームを開きます。Jiawei Shengjiang San、またはJWSJSの薬用組成物を入力し、スクリーニング基準を適用します。次に、データベースを使用して、成分に対応するターゲットを取得します。
Bombyx batryticatusとCicadidae Periostracumの有効成分を伝統的な漢方薬および化学組成データベースから入手してください。Chemical Abstractサービス番号の化合物を選択したら、PubChemから有効成分の2D構造図をダウンロードしてください。SwissADMEでは、胃腸吸収率の高い成分を、2つ以上の項目が「はい」の薬物類似性としてスクリーニングします。
これらをデータベースにインポートして、標的タンパク質の予測を行います。UniProtでは、ステータスをレビュー済み、種をヒトに設定し、ターゲットを標準化します。糖尿病性腎症(DN)を各種データベースから検索し、ターゲットを導き出します。
結合して重複除去した後。4.2.0ソフトウェアを使用して、JWSJSとDNの一般的なターゲットをスクリーニングし、ベン図を描画します。JWSJSの有効成分と潜在的なターゲットをCytoscape 3.8.0ソフトウェアにインポートして、薬物、成分、ターゲット、および疾患間の接続を視覚化する医薬品成分ターゲットネットワーク図を作成します。
STRINGプラットフォームで交差する遺伝子を解析するには、種をホモ・サピエンスに設定し、複数のタンパク質解析モードを使用してネットワークを構築するために最低限必要な相互作用スコアを0.9以上に設定します。Cytoscape 3.8.0を使用して、ネットワークをトポロジ的に解析し、各ノードの媒介中心性、近接中心性、次数中心性、固有ベクトル中心性、局所平均接続性ベースの方法、およびネットワーク中心性の値を計算します。次に、交差ターゲットと orghs.eg の ID を取得します。
db パッケージです。クラスタープロファイラー org.hs.eg を使用します。DB、enrichplot、ggplot2 パッケージは、エンリッチメント解析を実行します。
補正されたp値が0.05未満の上位10の生物学的ヒットに対する機能的遺伝子オントロジーエンリッチメント解析のスクリーニング、および京都遺伝子大百科事典およびゲノム解析のための最も濃縮された上位30のパスウェイを選択します。PubChemのデータベース内を検索し、JWSJSコアコンポーネントの2次元構造のSDFファイルを取得します。ChemBio3D Ultra 14.0ソフトウェアを使用して、その3D構造を生成し、最適化します。
MOL2形式で保存し、リガンドファイルとして使用します。構造バイオインフォマティクスタンパク質データバンクデータベースから、コアターゲットの3D構造のPDB形式を見つけてダウンロードします。PyMOL 2.4.0ソフトウェアを使用して、タンパク質構造から水分子とリガンドを取り除き、PDB受容体ファイルとして保存します。
受容体タンパク質ファイルを水素化用のAutoDock Tools 1.5.7ソフトウェアにインポートし、受容体タンパク質と低分子リガンドの両方をPDBQT形式に変換します。受容体タンパク質のアクティブポケットを、スペーシング係数を1に設定してセットします。AutoDock Vina 1.2.0 を分子ドッキングに使用して、結合エネルギーを計算します。
PyMOL 2.3.0およびLigPlot 2.2.5ソフトウェアを使用してドッキング結果を視覚化します。最も有望な3つの誘導配位子錯体について分子動力学法またはMD研究を行い、0.15モルの塩化ナトリウムを含むSBC水環境を使用します。Desmond の既定のパラメーターを使用して、100 ピコ秒のエネルギー最小化フェーズを開始します。
Nose-HooverチェーンとMartyna-Tobias-Klineの方法論を通じて、すべての生産システムで摂氏26.85度と1.01325バールの安定した温度と圧力を確保します。2フェムト秒の時間ステップで100ナノ秒のMDシミュレーションを実行し、100ピコ秒ごとに原子座標を記録します。シミュレーション相互作用図または SID モジュールを開き、シミュレーション結果データ ファイルを読み込みます。
解析が完了したら、SIDモジュールインターフェース内で結果を表示して解釈します。モデルグループ動物にストレプトゾトシンの腹腔内注射を注射します。72時間後、尾静脈採血で血糖値をテストします。
ラット腎臓の病理組織学的変化を観察して、DNモデルが成功したことを確認します。その後、1日1回経口強制経口投与によりラットに適切な薬剤を投与します。麻酔をかけたラットの腹部大動脈から血液サンプルを採取します。
最後に、ラットを安楽死させた後、生化学的および顕微鏡的分析のために腎臓を採取します。過ヨウ素酸-シッフ染色では、モデル群は正常群と比較して糸球体容積の増加、基底膜の肥厚、メサンギアルマトリックスの増加を示しました。これらの病理学的症状は、各薬物投与群で有意に緩和されました。.
透過型電子顕微鏡法では、モデル群の糸球体基底膜が正常群に比べて厚くなっていることが示されました。各投与群におけるラットの顕微鏡的症状は、モデル群に対してさまざまな程度で緩和されました。モデル群と比較して、各投与群のラット腎臓組織におけるp-EGFR、p-MAPK3/1、およびBAXの発現の有意な減少とBCL-2の発現のアップレギュレーションがさまざまな程度で見られました。
