まず、キュウリの種を入手し、75%エタノールで消毒し、続いて2%次亜塩素酸ナトリウム溶液で消毒します。種子を滅菌水ですすいだ後、滅菌条件下で発芽させます。一貫して発芽した2枚の葉の段階の苗木を、2キログラムの黒い土が入った鉢に移植します。
苗が四つ葉の段階に達したら、鉢を反転させ、滅菌した手袋を使用して、厚さ2ミリメートルの根圏土壌とともに根を分離します。根を50ミリリットルの遠心分離管内の30ミリリットルのPBSSバッファーに入れます。チューブを20分間振とうし、懸濁液を100μmのナイロンセルフィルターでろ過して、根や大きな沈殿物を取り除きます。
濾液を別の50ミリリットルの遠心分離管に移し、室温で15分間3、200Gで遠心分離します。根圏土壌細菌細胞を抽出する前に、チューブを摂氏4度で一時的に保管します。