根圏サンプルからの多種バイオフィルム微生物叢のシーケンシングと同定

まず、多種根圏バイオフィルムを確立し、微生物叢細胞懸濁液を取得します。トリプティク大豆ブロス培地と最小限の塩グリセロールグルタミン酸培地を1対1の比率で混合します。細胞懸濁液を培地で摂氏30度で一晩インキュベートし、細菌を活性化します。

100 μmのナイロンセルフィルターを24ウェルプレートに置きます。細菌懸濁液を3回に分けて接種し、ペリクルバイオフィルムを30°Cで36時間培養します。ペリクルバイオフィルムを含むフィルターを取り外し、新しい24ウェルセルプレートに2ミリリットルのPBSSバッファーを追加します。

フィルターをプレートに入れてバイオフィルムを洗浄し、遊離細胞を取り除きます。バイオフィルム中の主要な5種を同定し、培養した後、培地中の31種類の合成コミュニティの組み合わせをインキュベートします。上記の手順に続いて、キュウリの根圏土壌微生物叢からのバイオフィルム形成能力の有意な勾配が観察されました。

バイオフィルムアンプリコンシーケンシングにより、ペリクルにさまざまな種が存在することが確認されました。