免疫細胞におけるTMOD3の分布と卵巣がんにおけるTMOD3共発現ネットワークのチェック

まず、HPAに移動し、検索ボックスにTMOD3を入力して結果を取得します。免疫を選択すると、さまざまな免疫細胞におけるTMOD3の分布が表示されます。TIMERに移動し、Gene SymbolボックスにTMOD3を挿入します。

[がんの種類]ボックスで[OV]を選択し、[送信]をクリックして結果を取得します。次に、TISIDBに移動し、Gene SymbolボックスにTMOD3を挿入し、Submitをクリックします。LinkedOmicで、TCGAOVサンプルコホートを選択します。

Select Search DatasetボックスとSelect Target DatasetボックスでRNA Sequencingを選択します。次に、Submit Queryをクリックして、TMOD3と共発現した遺伝子の結果を取得します。Stringに移動し、Protein NameボックスにTMOD3を挿入します。

次に、[生物]ボックスで[ホモサピエンス]を選択し、[検索]をクリックして結果を取得します。その後、DAVIDに行きます。重複する遺伝子を Enter Gene List ボックスに挿入し、Select Identifier ボックスで Ensemble Gene ID を選択します。

「リストを送信」をクリックして結果を取得します。次に、CTDデータベースに移動し、検索メニューでChemical Gene Interaction Queryを選択します。Gene BoxにTMOD3を挿入し、Searchをクリックして結果を取得します。

PubChemデータベースに移動し、検索ボックスに薬剤を入力します。TMOD3はさまざまな免疫細胞に広く分布し、腫瘍の純度と負の相関があり、卵巣がん組織の免疫浸潤におけるその役割が示唆されています。TMOD3の発現は、Bリンパ球、CD-8陽性T細胞、好中球、樹状細胞と正の相関を示したが、CD-4陽性T細胞やマクロファージとは正の相関がなかった。

TMOD3の発現は、PD-1、PDL-1、CTLA-4などの免疫チェックポイントを含むさまざまな免疫調節因子と有意に相関していました。