まず、ターミナルにコマンドを入力して、圧縮された分析パイプラインを GitHub からダウンロードします。ダウンロード後、zipファイルを解凍するコマンドを入力します。解凍が完了したら、zipファイルを削除し、解凍したフォルダ名を変更します。
次に、作業ディレクトリ内のすべてのシェルスクリプトに対して実行可能アクセス権を設定します。使用可能なオプションから、適切なインストール・シェル・スクリプトを見つけます。Script_01_Installation.sh という名前のスクリプトを探します。
ターミナルを開き、「echo SHELL」と入力して、アクティブターミナルで使用されているデフォルトのシェルを確認します。bash がデフォルトのシェルでない場合は、ターミナルで chsh s と入力して設定します。ターミナルに高速キューダウンロードスクリプトを入力するか、スクリプトファイルをターミナルにドラッグしてEnterキーを押します。
スクリプトを実行した後、ログファイルでエラーメッセージを確認します。次に、ターミナルにトリミングスクリプトを入力して実行します。次に、ターミナルにbowtie2インデックス作成スクリプトを入力して実行します。
最後に、bowtie2 マッピング スクリプトを実行し、Enter キーを押します。ターミナルにbamフィルタリングおよびソートスクリプトを入力して実行します。次に、ターミナルに適切なコマンドを入力してEnterキーを押して、bamをBEDPE、BED、およびbedGraph形式に変換します。
SRPMC メソッドを使用して正規化を実行し、挿入サイズ分析スクリプトを実行します。ターミナルで MACS コマンドを使用してピーク呼び出しを実行します。その後、SEACRを使用してピークコールのコマンドを入力し、Enterキーを押します。
ターミナルで適切なコマンドを使用してピーク BED ファイルを作成し、ピークをフィルター処理します。次に、MACSのピークをマージするコマンドを入力します。ターミナルにコマンドを入力して、SEACRピークをマージします。
相関プロットを生成し、ターミナルで主成分分析のコマンドを実行します。次に、適切なコマンドを使用して、さまざまな方法を比較するベン図を作成します。反復のベン図を生成するコマンドを入力します。
最後に、焦点を絞ったピーク中心ヒートマップを生成します。次に、ピーク全体の中心ヒートマップを生成します。
