FFPE 조직에 대해 면역조직화학을 수행한 후 디지털 병리학 이미저를 사용하여 단면을 이미징합니다. 소프트웨어를 실행하여 주석이 달린 이미지의 스펙트럼 혼합 해제를 수행합니다. 파일을 선택한 다음 이미지 열기를 클릭하고 QPTIFF 파일을 선택하여 이미지를 소프트웨어에 업로드합니다.
정보에 입각한 프로젝트로 표시된 스탬프를 프로젝트에 업로드할 수 있습니다. 자가형광 보정을 위해 준비된 QPTIFF 파일을 불러옵니다. 이미지 도구에서 자가형광을 선택하여 적혈구 및 콜라겐과 같은 자가형광 구조를 통해 염색되지 않은 슬라이드에서 이미지에 선을 그려 자가형광을 보정합니다.
그런 다음 Edit Markers and Colors 섹션으로 이동합니다. Opal 형광단과 일치하는 마커 이름을 지정하고 원하는 옵션으로 색상 설정을 조정합니다. 인터페이스의 왼쪽 하단 모서리에 있는 Prepare All을 선택하여 형광단의 혼합 해제를 시작합니다.
모든 이미지를 검사하여 모든 신호의 가시성과 언믹싱 프로세스의 성공적인 완료를 확인합니다. 눈알 아이콘을 선택하여 모든 마커를 하나씩 끄고 켜서 품질을 확인합니다. 이제 Export 탭으로 이동하여 Export 디렉토리 아래에 있는 Browse 버튼을 클릭하여 비어 있는 새 익스포트 디렉토리를 만듭니다.
내보낼 이미지 탭에서 복합 이미지 및 구성 요소 이미지, 다중 이미지 TIFF를 선택합니다. 슬라이드의 일괄 처리를 위해 왼쪽에 세로로 있는 Batch Analysis 탭으로 이동하고 내보내기 옵션에서 각 항목에 대해 별도의 디렉터리 만들기를 선택합니다. 해석할 슬라이드를 추가하려면 [슬라이드 추가] 버튼에서 QPTIFF 파일을 선택하고 배치 해석에 로드합니다.
[실행]을 선택하여 슬라이드의 일괄 처리를 시작합니다. spectral unmixing의 구성 요소 파일만 포함하는 새 폴더를 만들어 계층적 폴더 구조가 그대로 유지되도록 합니다. 전체 슬라이드 뷰어 소프트웨어를 실행합니다.
왼쪽에서 프로젝트 만들기를 클릭하고 적절한 이름의 빈 폴더를 새로 만들거나 선택합니다. 그런 다음 '자동화'를 클릭하고 '스크립트 편집기 표시'를 선택합니다. 기존 스크립트를 복사하여 붙여넣고 모든 슬라이드 구성 요소 파일이 들어 있는 폴더로 향하도록 위치를 수정합니다.
실행을 선택하여 슬라이드 일괄 스티칭 프로세스를 시작한 다음 완료되도록 합니다. 이제 최근에 생성된 OME TIFF 파일을 QuPath 프로젝트로 이동하고 새 프로젝트로 저장합니다. 새 창이 나타나면 set image type(이미지 유형을 형광)으로 설정(set image type as fluorescence)을 선택한 다음 Import(가져오기) 버튼을 클릭합니다.
왼쪽 메뉴로 이동하여 목록에서 샘플을 선택하고 두 번 클릭하여 선택한 샘플을 엽니다. 가시성을 향상시키기 위해 Contrast 아이콘을 클릭하여 채널의 강도를 조정합니다. 모든 채널을 선택하고 재설정을 선택하십시오.
자가형광이 꺼져 있는지 확인합니다. 종양에 대한 관심 영역 또는 ROI를 그리려면 대비 아이콘을 다시 클릭한 다음 회색조 표시를 선택합니다. 그런 다음 종양 마커 채널을 선택하고 최적의 가시성을 위해 강도를 조정합니다.
브러시 도구를 클릭하여 종양 주위에 ROI를 그립니다. 하나의 도구를 클릭하고 ALT 키를 누른 상태에서 ROI를 조정하여 외부에서 ROI를 매끄럽게 합니다. 완료되면 종양의 분리된 부분을 동일한 ROI로 병합합니다.
왼쪽 목록에서 ROI 주석을 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 속성 설정(Set Properties)을 선택한 다음 적절한 이름을 입력합니다. 예를 들어, 종양. Objects(개체), Annotations(주석), Expand Annotations(주석 확장)를 차례로 선택하여 종양 영역의 침습적 가장자리에 대한 ROI를 확장합니다.
확장 반경에 대해 원하는 크기를 선택합니다. 내부 제거 및 상위로 제한을 선택합니다. 대비 아이콘을 클릭하고, 자가형광 채널을 선택하고, 최적의 가시성을 위해 강도를 조정합니다.
지팡이를 클릭하고 alt 키를 누른 상태에서 ROI를 조정하여 외부에서 ROI를 매끄럽게 하고 이 ROI의 일부가 아니어야 하는 배경을 제거합니다. 왼쪽 목록에서 주석을 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭합니다. 그런 다음 속성 설정을 선택하여 ROI에 침습적 마진 또는 IM과 같은 적절한 이름을 할당합니다.
원하는 경우 색상을 변경합니다. 주석을 내보내려면 파일 옵션으로 이동하여 개체 데이터, GeoJSON으로 내보내기를 클릭하고 모든 개체 내보내기를 선택합니다. 피쳐 컬렉션으로 내보내기에 대한 기본 선택을 계속하고 원하는 위치에 저장합니다.
