시작하려면 중국 전통 의학 시스템 약리학 데이터베이스 및 분석 플랫폼을 엽니다. Jiawei Shengjiang San 또는 JWSJS의 의약 조성을 입력하고 스크리닝 기준을 적용합니다. 그런 다음 데이터베이스를 사용하여 성분에 해당하는 대상을 검색합니다.
Bombyx batryticatus 및 Cicadidae Periostracum의 활성 성분을 중국 전통 의학 및 화학 조성 데이터베이스에서 얻을 수 있습니다. 화학 추상 서비스 번호가 있는 화합물을 선택한 후 PubChem에서 활성 성분의 2D 구조 다이어그램을 다운로드하십시오. SwissADME를 사용하면 위장관 흡수율이 높은 성분을 두 항목 이상이 '예'인 약물 유사성으로 스크리닝합니다.
표적 단백질 예측을 위해 이를 데이터베이스로 가져옵니다. UniProt에서 상태를 검토됨으로 설정하고 종을 인간으로 설정하고 대상을 표준화합니다. 다양한 데이터베이스를 통해 당뇨병성 신증(DN)을 검색하고 대상을 얻습니다.
결합 및 중복 제거 후. 4.2.0 소프트웨어를 사용하여 JWSJS 및 DN의 공통 대상을 스크리닝하여 벤 다이어그램을 그립니다. JWSJS의 활성 성분 및 잠재적 표적을 Cytoscape 3.8.0 소프트웨어로 가져와 약물, 성분, 표적 및 질병 간의 연결을 시각화하는 약물 성분 표적 네트워크 다이어그램을 구축합니다.
STRING 플랫폼에서 교차하는 유전자를 분석하려면 종을 호모 사피엔스(Homo sapiens)로 설정하고 다중 단백질 분석 모드를 사용하여 네트워크를 구성하는 데 필요한 최소 상호 작용 점수를 0.9 이상으로 설정합니다. Cytoscape 3.8.0을 사용하여 네트워크를 토폴로지 분석하고 각 노드에 대한 매개성 중심성, 근접성 중심성, 차수 중심성, 고유벡터 중심성, 로컬 평균 연결성 기반 방법 및 네트워크 중심성 값을 계산합니다. 그런 다음 orghs.eg 를 사용하여 교차 대상의 ID를 얻습니다.
db 패키지. 클러스터 프로파일러 org.hs.eg 사용. db, enrichplot 및 ggplot2 패키지는 농축 분석을 수행합니다.
수정된 p-값이 0.05 미만인 상위 10개의 생물학적 히트에 대한 기능적 유전자 온톨로지 농축 분석을 스크리닝하고 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Analysis에 대해 가장 높은 농축을 가진 상위 30개 경로를 선택합니다. PubChem 데이터베이스에서 검색하여 JWSJS 핵심 구성요소의 2D 구조에 대한 SDF 파일을 가져옵니다. ChemBio3D Ultra 14.0 소프트웨어를 사용하여 3D 구조를 생성하고 최적화합니다.
MOL2 형식으로 저장하여 리간드 파일로 사용할 수 있습니다. Research Collaboratory for Structural Bioinformatics 단백질 데이터 뱅크 데이터베이스에서 핵심 표적의 3D 구조의 PDB 형식을 찾아 다운로드합니다. PyMOL 2.4.0 소프트웨어를 사용하여 단백질 구조에서 물 분자와 리간드를 제거하고 PDB 수용체 파일로 저장합니다.
수소화를 위해 수용체 단백질 파일을 AutoDock Tools 1.5.7 소프트웨어로 가져오고 수용체 단백질과 소분자 리간드를 모두 PDBQT 형식으로 변환합니다. 간격 계수를 1로 설정하여 수용체 단백질에 대한 활성 포켓을 설정합니다. 분자 도킹에 AutoDock Vina 1.2.0을 사용하여 결합 에너지를 계산합니다.
PyMOL 2.3.0 및 LigPlot 2.2.5 소프트웨어를 사용하여 도킹 결과를 시각화합니다. 가장 유망한 파생 리간드 복합체 트리오에 대해 분자 역학 또는 MD 조사를 수행하고 0.15몰 염화나트륨이 있는 SBC 수성 환경을 사용합니다. Desmond 기본 매개변수를 사용하여 100피코초 동안 에너지 최소화 단계를 시작합니다.
Nose-Hoover 체인 및 Martyna-Tobias-Kline 방법론을 통해 모든 생산 시스템에서 섭씨 26.85도 및 1.01325bar의 안정적인 온도와 압력을 보장합니다. 2펨토초의 시간 단계로 100나노초 동안 MD 시뮬레이션을 실행하여 100피코초마다 원자 좌표를 기록합니다. 시뮬레이션 상호 작용 다이어그램 또는 SID 모듈을 열고 시뮬레이션 결과 데이터 파일을 로드합니다.
분석이 완료되면 SID 모듈 인터페이스 내에서 결과를 보고 해석합니다. 모델 그룹 동물에게 스트렙토조토신(streptozotocin)의 복강내 주사를 주입합니다. 72시간 후 꼬리 정맥 혈액 샘플링을 통해 혈당 수치를 검사합니다.
성공적인 DN 모델을 확인하기 위해 쥐 신장의 조직병리학적 변화를 관찰합니다. 그런 다음 하루에 한 번 구강 개비지를 통해 쥐에게 적절한 약물을 투여합니다. 마취된 쥐의 복부 대동맥에서 혈액 샘플을 수집합니다.
마지막으로 쥐를 안락사시킨 후 생화학 및 현미경 분석을 위해 신장을 채취합니다. 주기적인 acid-Schiff 염색은 모델 그룹이 정상 그룹에 비해 사구체 부피가 증가하고 기저막이 두꺼워졌으며 간막 기질이 증가했음을 보여주었습니다. 이러한 병리학적 증상은 각 약물 투여군에서 유의하게 완화되었다.
투과 전자 현미경 검사는 모델 그룹의 사구체 기저막이 정상 그룹에 비해 두꺼워진 것으로 나타났습니다. 각 투여군에서 쥐의 미시적 발현은 모델 투여군에 비해 다양한 정도로 완화되었다. 모델군과 비교했을 때, p-EGFR, p-MAPK3/1 및 BAX의 발현이 유의하게 감소하였으며, 각 투여군의 랫트 신장 조직에서 BCL-2 발현의 상향조절이 있었다.
