시작하려면 터미널에 명령을 입력하여 GitHub에서 압축된 분석 파이프라인을 다운로드합니다. 다운로드 후 명령을 입력하여 zip 파일의 압축을 풉니다. 압축 해제가 완료되면 zip 파일을 제거하고 압축 해제된 폴더 이름을 변경합니다.
그런 다음 작업 디렉터리의 모든 셸 스크립트에 대한 실행 권한을 설정합니다. 사용 가능한 옵션에서 적절한 설치 셸 스크립트를 찾습니다. Script_01_Installation.sh이라는 스크립트를 찾습니다.
터미널을 열고 echo SHELL을 입력하여 활성 터미널에서 사용되는 기본 셸을 확인합니다. bash가 기본 셸이 아닌 경우 터미널에 chsh s를 입력하여 설정합니다. 터미널에 빠른 대기열 다운로드 스크립트를 입력하거나 스크립트 파일을 터미널로 드래그하고 Enter 키를 누릅니다.
스크립트를 실행한 후 로그 파일에서 오류 메시지를 확인합니다. 이제 터미널에 트리밍 스크립트를 입력하고 실행합니다. 그런 다음 터미널에 bowtie2 인덱스 생성 스크립트를 입력하고 실행합니다.
마지막으로 bowtie2 매핑 스크립트를 실행하고 Enter 키를 누릅니다. 터미널에 bam filtering and sorting script를 입력하고 실행합니다. 그런 다음 터미널에 적절한 명령을 입력하고 Enter 키를 눌러 bam을 BEDPE, BED 및 bedGraph 형식으로 변환합니다.
SRPMC 방법을 사용하여 정규화를 수행한 다음 인서트 크기 분석 스크립트를 실행합니다. 터미널에서 MACS 명령을 사용하여 피크 호출을 수행합니다. 그런 다음 SEACR을 사용하여 피크 호출 명령을 입력하고 Enter 키를 누릅니다.
터미널에서 적절한 명령을 사용하여 피크 BED 파일을 만든 다음 피크를 필터링합니다. 그런 다음 MACS 피크를 병합하는 명령을 입력합니다. 터미널에 명령을 입력하여 SEACR 피크를 병합합니다.
상관 관계 플롯을 생성하고 터미널에서 주성분 분석 명령을 실행합니다. 그런 다음 적절한 명령을 사용하여 여러 방법을 비교하는 벤 다이어그램을 만듭니다. 반복실험에 대한 벤 다이어그램을 생성하는 명령을 입력합니다.
마지막으로, 집중된 피크 중심 히트 맵을 생성합니다. 그런 다음 전체 피크 중심 히트맵을 생성합니다.
