10.5 : Termination of Translation

Duża podjednostka rybosomalna ma kilka ważnych struktur niezbędnych do translacji. Należą do nich centrum transferazy peptydylowej (PTC) - czyli miejsce, w którym powstaje wiązanie peptydowe - oraz duża, wewnętrzna, wypełniona wodą rurka, przez którą przemieszcza się powstający polipeptyd. Ta ostatnia struktura nazywana jest tunelem wyjściowym peptydu i zaczyna się w PTC i obejmuje ciało dużej podjednostki rybosomalnej. Podczas translacji, gdy powstający łańcuch polipeptydowy jest syntetyzowany, przechodzi on przez tunel wyjściowy peptydu. Następnie wyłania się po stronie rozpuszczalnika, gdzie łańcuch peptydowy jest następnie zwijany w białko.

Ten tunel utworzony przez rybosomalny RNA 23S tworzy dużą hydrofilową powierzchnię, zawierającą maleńkie hydrofobowe plamy. Wymiary tunelu (około 10 nm × 1,5 nm) mogą pomieścić rosnące, nieustrukturyzowane łańcuchy polipeptydowe, a także cząsteczki rozpuszczalnika. Wnętrze tunelu wyjściowego peptydu nie jest komplementarne z żadnym peptydem. Dzięki temu łańcuch polipeptydowy nie "przykleja się" do ścian i może się łatwo prześlizgnąć. Po dotarciu do miejsca w tunelu wyjściowym, w którym jest wystarczająco dużo miejsca, powstający łańcuch peptydowy zaczyna się fałdować i może z powodzeniem tworzyć pewne α-spiralne regiony. Jednak większość fałdowania białek zachodzi, gdy polipeptyd opuści rybosom.