U eukariontów transkrypcja i translacja są podzielone na przedziały; mRNA jest najpierw syntetyzowane w jądrze, a następnie selektywnie transportowane do cytoplazmy w celu syntezy białek. Przed transportem pre-mRNA przechodzi kilka etapów modyfikacji potranskrypcyjnych, w tym splicing, capping 5' i dodanie ogona poliadeninowego. Podczas tych modyfikacji różne białka wiążą się z pre-mRNA. Transport mRNA odbywa się za pomocą wielu białek odgrywających określone role na różnych etapach transportu mRNA. Na przykład mRNA jest eksportowane przez kompleksy porów jądrowych za pomocą białka eksportera, które jest heterodimerem czynnika eksportu jądrowego 1 i transportera eksportu jądrowego 1. Białka te rozpoznają określone sekwencje nukleotydowe lub struktury pętli macierzystej utworzone przez mRNA i mogą wiązać różne typy mRNA o podobnych cechach wiązania.

mRNA jest zwykle transportowane z jądra dopiero po jego pełnym przetworzeniu. Jednak niektóre RNA z określonych wirusów, takich jak ludzki wirus niedoboru odporności (HIV), mogą obejść tę regułę. HIV przenosi część swoich intronów przenoszących pre-mRNA z jądra do cytoplazmy za pomocą białka zwanego Rev. Rev jest kodowany przez RNA HIV i wiąże się ze specyficznymi sekwencjami obecnymi w intronach pre-mRNA, a także w jądrowym receptorze eksportowym. Ułatwia to transport pre-mRNA przenoszącego introny do cytoplazmy.

Cytoplazmatyczne losy transportowanego mRNA

Po przeniesieniu do cytoplazmy dalsza podróż mRNA w cytoplazmie w dużej mierze zależy od tego, czy koduje ono białko specyficzne dla organelli, wydzielnicze czy na powierzchni komórki. W przypadku białek specyficznych dla organelli wytworzone białko zostanie przetransportowane do odpowiednich organelli za pomocą sekwencji peptydów sygnałowych. Z drugiej strony, jeśli określone mRNA wytwarza białko wydzielnicze, mRNA zostanie skierowane do retikulum endoplazmatycznego wraz z powiązanym rybosomem i powstającym peptydem. Stanie się to w początkowych etapach syntezy białek, a przenoszony kompleks mRNA-rybosom pozostanie na retikulum endoplazmatycznym do momentu zakończenia syntezy białek.

Natomiast niektóre mRNA są transportowane do określonych miejsc w cytoplazmie przed rozpoczęciem produkcji białka. Takie sygnały lokalizacyjne, znane jako regiony kodu pocztowego, są obecne w nieulegających translacji regionach 3' mRNA. Transport mRNA do miejsca docelowego może być losowy lub kierowany przez włókna cytoszkieletu. Taka lokalizacja mRNA nie tylko pomaga komórkom wytwarzać wysokie stężenia białek w pobliżu miejsca docelowego, ale także eliminuje potrzebę wykorzystywania przez komórkę zasobów do transportu białka do miejsca docelowego.