Method Article
CRISPR/Cas9 jest coraz częściej używany do charakteryzowania funkcji genów w organizmach niemodelowych. Protokół ten opisuje, w jaki sposób generować linie nokautujące Culex pipiens, od przygotowania mieszanek iniekcyjnych, po pozyskiwanie i wstrzykiwanie zarodków komarów, a także jak hodować, krzyżować i badać przesiewowo komary, którym wstrzyknięto implanty i ich potomstwo pod kątem pożądanych mutacji.
Komary Culex są głównymi wektorami wielu chorób, które negatywnie wpływają na zdrowie ludzi i zwierząt, w tym wirusa Zachodniego Nilu i chorób wywoływanych przez nicienie filarialne, takie jak nicienie sercowe i słoniowacica. Ostatnio edycja genomu CRISPR/Cas9 została wykorzystana do wywołania mutacji ukierunkowanych na miejsce poprzez wstrzyknięcie białka Cas9, które zostało skompleksowane z przewodnikiem RNA (gRNA) do świeżo złożonych zarodków kilku gatunków owadów, w tym komarów należących do rodzajów Anopheles i Aedes. Manipulowanie i wstrzykiwanie komarów Culex jest nieco trudniejsze, ponieważ komary te składają jaja pionowo na tratwach, a nie pojedynczo, jak inne gatunki komarów. Tutaj opisujemy, jak projektować gRNA, kompleksować je białkiem Cas9, nakłaniać samice komarów Culex pipiens do składania jaj oraz jak przygotować i wstrzyknąć nowo złożone zarodki do mikroiniekcji Cas9/gRNA. Opisujemy również, jak hodować i przesiewać komary, którym wstrzyknięto implant, pod kątem pożądanej mutacji. Reprezentatywne wyniki pokazują, że technika ta może być stosowana do indukowania mutacji ukierunkowanych na miejsce w genomie komarów Culex i, z niewielkimi modyfikacjami, może być stosowana do generowania mutantów zerowych również u innych gatunków komarów.
Komary Culex są rozmieszczone w umiarkowanych i tropikalnych regionach świata i przenoszą kilka śmiertelnych wirusów, w tym wirusa Zachodniego Nilu1, St. Louis encephalitis class2 a także nicienie filarialne, które powodują dirofilariozę psów3 i słoniowacizna4. Członkowie kompleksu Culex pipiens, który obejmuje Cx. quinquefasciatus, Cx. pipiens pipiens i Cx. pipiens molestus, wykazują uderzające różnice w wielu aspektach swojej biologii. Na przykład, podczas gdy Cx. quinquefasciatus i Cx. pipiens molestus nie są w stanie wejść w stan spoczynku zimowego5,6, Cx. pipiens pipiens wykazują silne odpowiedzi sezonowe i wchodzą w diapauzę w odpowiedzi na krótkie dni7,8. Dodatkowo, Cx. pipiens molestus wydają się być bardziej antropofilne, podczas gdy Cx. pipiens i Cx. quinquefasciatus są bardziej zoofilne6. Jednak w Stanach Zjednoczonych i w wielu innych miejscach na świecie gatunki te krzyżują się, co ma silne implikacje dla przenoszenia chorób jako hybrydy Cx. pipiens pipiens i Cx. pipiens molestus są oportunistycznymi żywicielami i gryzą zarówno ptaki, jak i ludzi9, służąc w ten sposób jako wektory pomostowe dla wirusa Zachodniego Nilu. Studiowanie tych i innych fascynujących aspektów biologii komarów Culex było utrudnione, częściowo dlatego, że komary Culex są nieco trudniejsze do wyhodowania w laboratorium niż komary Aedes, które produkują jaja w stanie spoczynku i odporne na wysuszenie10 oraz dlatego, że funkcjonalne narzędzia molekularne nie są tak dobrze rozwinięte dla gatunków Culex.
Edycja genomu CRISPR/Cas9 to potężna technologia, która została wykorzystana do oceny biologii kilku ważnych gatunków komarów11,12,13, w tym południowego komara domowego, Culex quinquefasciatus14,15,16. Ta technologia, opracowana przez Jennifer Doudna i Emmanuelle Charpentier, wykorzystuje naturalną obronę bakteryjną przed wirusami przez endonukleazy pochodzenia bakteryjnego i związanego z CRISPR (białka Cas; patrz recenzja Van der Oost i wsp.17). Po wstrzyknięciu do zarodków zwierzęcych białka Cas9 w połączeniu z odpowiednim przewodnikiem RNA mogą powodować dwuniciowe pęknięcia w genomie. Najczęściej odbywa się to za pomocą białka Cas9, które jest skompleksowane z przewodnikowymi RNA, które kieruje aktywność endonukleazy do określonego regionu genomu. Po tym, jak białko Cas9 wytworzy specyficzne dla miejsca dwuniciowe pęknięcie, maszyneria komórkowa próbuje naprawić pęknięcie za pomocą jednego z dwóch mechanizmów. Pierwsza polega na podwiązaniu dwóch końców razem poprzez niehomologiczne łączenie końców (NHEJ), które jest podatne na błędy i często powoduje insercje i delecje poza ramką w genomie, co może skutkować niefunkcjonalnymi białkami, generując w ten sposób mutację nokautującą. Alternatywnie, maszyneria komórkowa może wykorzystywać naprawę kierowaną homologią (HDR), znajdując podobne sekwencje w celu prawidłowej naprawy przerwy. Podobną sekwencję może zapewnić drugi chromosom w organizmie (patrz review18). Jeśli jednak naprawiona sekwencja dokładnie pasuje do oryginalnej sekwencji, białko Cas9 będzie w stanie ponownie przeciąć DNA. Alternatywnie, naukowcy mogą również dołączyć plazmid dawcy, który zawiera sekwencje homologiczne po obu stronach miejsca cięcia sekwencji docelowej z alternatywną sekwencją naprawczą - często białkiem markera fluorescencyjnego, zmodyfikowaną wersją oryginalnego genu lub inną modyfikacją - którą można skopiować i wprowadzić do genomu lub "wbić".
Czas jest krytyczny podczas wstrzykiwania embrionów, a szczególnie podczas korzystania z edycji genomu CRISPR/Cas9 do tworzenia mutacji u owadów. Dzieje się tak, ponieważ białko Cas9 i gRNA mają największą zdolność do generowania mutacji tylko wtedy, gdy zarodek jest w stanie syncytialnym, przed utworzeniem błon komórkowych i gdy w zarodku dostępnych jest wiele jąder. W przypadku komarów jądra docierają do obrzeży ~2-4 godziny po złożeniu jaj, w zależności od temperatury19, a zatem udana mikroiniekcja musi nastąpić przed tym czasem. Dodatkowo, białko Cas9 przetnie wszelkie jądrowe DNA, do którego ma dostęp, tak że osoba powstała w wyniku wstrzyknięcia będzie zawierała mozaikę komórek, z których niektóre będą miały pożądaną mutację, a inne nie. Aby te mutacje mogły być pomyślnie dziedziczone, białko Cas9 musi przeciąć DNA, które znajduje się w linii zarodkowej, która da początek przyszłym jajom i plemnikom. Aby upewnić się, że mutacje powstają w linii zarodkowej, najlepiej jest wstrzyknąć wszystkie materiały w pobliżu lokalizacji komórek biegunowych w zarodku, które są przodkami linii zarodkowej owadów. Komórki biegunowe znajdują się w pobliżu tylnego końca zarodków Culex20. Oprócz wstrzykiwania zarodków konieczne jest opracowanie starannego planu krzyżowania i badań przesiewowych potomstwa w celu wykrycia pożądanej mutacji.
Ten protokół opisuje, jak generować gRNA i łączyć je z białkiem Cas9 w celu przygotowania mieszanek iniekcyjnych, a także jak nakłonić samice komarów Culex pipiens do złożenia jaj oraz jak przygotować i wstrzyknąć te jaja do edycji genomu za pośrednictwem CRISPR/Cas9. Dodatkowo opisujemy, w jaki sposób hodować, krzyżować i badać przesiewowo wstrzyknięte zarodki i ich potomstwo, aby potwierdzić, że pożądana mutacja została uzyskana. Korzystając z tego protokołu, wygenerowaliśmy mutacje zerowe dla interesującego nas genu, cyklu, w szczepie Buckeye Culex pipiens. Szczep ten został pierwotnie założony w 2013 roku z komarów zebranych w terenie w Columbus w stanie Ohio i jest utrzymywany przez laboratorium Meuti. Protokół ten może być wykorzystany do dodatkowych badań, które wymagają edycji genomu CRISPR/Cas9 u komarów Culex, a także innych gatunków komarów, a bardziej ogólnie, jest istotny dla zastosowania edycji genomu CRISPR/Cas9 do dowolnego gatunku owadów.
Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.
W większości instytucji badawczych musi istnieć zatwierdzony Protokół Bezpieczeństwa Biologicznego przed wygenerowaniem lub utrzymaniem transgenicznych owadów, aby zapewnić, że genetycznie modyfikowane organizmy nie uciekną lub nie zostaną usunięte z laboratorium. Mogą również obowiązywać dodatkowe przepisy rządowe. Przed rozpoczęciem projektu tego rodzaju należy sprawdzić wszystkie zasady i procedury instytucji, aby określić, jakie dokumenty i zgody są wymagane.
1. Projektowanie gRNA i przygotowywanie mieszanek iniekcyjnych
2. Igły do ciągnięcia i fazowania
UWAGA: Udane wstrzyknięcia i przeżycie zarodków wymaga ostrych igieł (Rysunek 1).
3. Karmienie krwią rodzicielskiego pokolenia komarów
4. Wywoływanie składania jaj u dorosłych komarów
5. Mikromanipulacja świeżo złożonymi jajami Culex
6. Wstrzykiwanie zarodków Culex
7. Hodowla wstrzykniętych zarodków (F0) do dorosłości i zakładanie krzyżówek
8. Pozyskiwanie i hodowla komarów F1 oraz badanie ich pod kątem mutacji
9. Pozyskiwanie i hodowla komarów F2 i F3 oraz badanie ich pod kątem mutacji
Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.
Korzystając z opisanego protokołu, udało nam się z powodzeniem wstrzyknąć zarodki Cx. pipiens i zaobserwowaliśmy wysoki wskaźnik przeżywalności wśród wstrzykniętych zarodków (~55%, Rysunek 1). Wcześniejsze badania wykazały niższy odsetek przeżycia, prawdopodobnie dlatego, że przednia część pęcherzyka jajowego była przymocowana do paska opatrunku medycznego, co zapobiegało ucieczce larw komarów z kosmówki i skutecznemu pływaniu do wody. Zapewnienie, że prz...
Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.
Protokół ten przedstawia metody wprowadzania określonych mutacji do genomu komarów Culex i może być również stosowany do edycji genomu innych komarów. Protokół jest istotny, ponieważ zawiera szczegółowe informacje nie tylko na temat przygotowania materiałów do wstrzykiwań, ale także szczegółowy przegląd wideo na temat tego, jak nakłonić komary do złożenia jaj, a także jak przygotować i wstrzyknąć te jaja. Podsumowujemy również, jak wykorzystać biologię samic Cx. pipiens ...
Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.
RH pracuje dla Zakładu Transformacji Owadów, który świadczy usługi w zakresie modyfikacji genetycznej owadów.
Dziękujemy dr Davidowi O'Brochcie i wszystkim członkom Sieci Koordynacyjnej Badań nad Technologiami Genetycznymi Owadów za pomoc i szkolenia, które zapewniają nam i innym w zakresie wdrażania technologii genetycznych. Szczególnie dziękujemy Channie Aluvihare za optymalizację protokołu mikromanipulacji, aby umożliwić wstrzykiwanie i wykluwanie się zarodków Culex. Dziękujemy również Devante Simmonsowi i Josephowi Urso, studentom pracującym w laboratorium Meuti, za ich pomoc w opiece i badaniach przesiewowych transgenicznych komarów, a także Zorze Elmkami z ITF za pomoc w hodowli i przygotowaniu komarów do wstrzyknięcia. Prace te zostały wsparte grantem Interdisciplinary Seeds z Instytutu Chorób Zakaźnych OSU przyznanym MEM.
Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
|---|---|---|---|
| Podajnik sztucznej membrany | Hemotek | SP5W1-3 | Lokalizacja firmy: Blackburn, Wielka Brytania |
| ATP | Invitrogen | 18330019 | Lokalizacja firmy: Carlsbad, CA, USA |
| Rurki mirocapillaralne ze szkła borokrzemianowego, średnica zewnętrzna 1 mm | World Precision Instruments | 1B100-6 | Lokalizacja firmy: Sarasota, FL, USA |
| BV10 Igła do ukosowania | Sutter Instruments | BV-10-B | Lokalizacja firmy: Nobato, CA, USA |
| Whatman Okrągła bibuła filtracyjna (12,5 cm) | Sigma Aldrich | WHA1001125 | Lokalizacja firmy: St. Louis, MO, USA |
| Rurka stożkowa (50 ml) | Thermo Fisher Scientific | 339652 | Lokalizacja firmy: Waltham, MA, USA |
| Bibuła filtracyjna Fisherbrand o szybkim natężeniu przepływu | Thermo Fisher Scientific | 09-800 | Lokalizacja firmy: Waltham, MA, USA |
| Szkło nakrywkowe (24 x 40 mm) | Thermo Fisher Scientific | 50-311-20 | Lokalizacja firmy: Waltham, MA, USA |
| Dam dentystyczna | Henry Schein Inc | 1010171 | Lokalizacja firmy: Melville, NY USA |
| Taśma dwustronna szkocka | Thermo Fisher Scientific | NC0879005 | Lokalizacja firmy: Waltham, MA, USA |
| Mikrowtryskiwacz FemtoJet 4i | Eppendorf | 5252000021 | Lokalizacja firmy: Hamburg, Niemcy |
| Szklana fiolka (2 dram) | Thermo Fisher Scientific | 033401C | Lokalizacja firmy: Waltham, MA, USA |
| Olej halowęglowy | Sigma Aldrich | H8898-50ML | Lokalizacja firmy: St. Louis, MO, USA |
| P-2000 Laserowy ściągacz igieł | Sutter Instruments | P-2000/G | Lokalizacja firmy: Nobato, CA, USA |
| Parafilm | Thermo Fisher Scientific | 50-998-944 | Lokalizacja firmy: Waltham, MA, USA |
| PC-100 Ściągacz igieł z obciążeniem | Narishige | PC-100 | Jest to zgodne z wcześniejszym modelem PC-10, który został wycofany z produkcji. Lokalizacja firmy: Amityville, NY, USA |
| Zestaw do bezpośredniego PCR Phire | Thermo Fisher Scientific | F140WH | Lokalizacja firmy: Waltham, MA, USA |
| Kodak Photo-Flo (1%) | Thermo Fisher Scientific | 50-268-05 | Lokalizacja firmy: Waltham, MA, USA |
| Rurki mirokapilarne ze szkła kwarcowego, średnica zewnętrzna 1 mm | Rurka kapilarna Supplies Limited | QGCT 1.0 | Lokalizacja firmy: Kornwalia, Wielka Brytania |
| Przewodnik i handel; Zestaw do badań przesiewowych sgRNA Takara | , Bio USA | 632639 | Ten zestaw pozwala określić, czy gRNA przecinają sekwencje DNA in vitro. Lokalizacja firmy: Mountain View, CA, USA |
| Sigmacote | Sigma Aldrich | SL2-100ML | Lokalizacja firmy: St. Louis, MO, USA |
| Małe szalki Petriego (35X10 mm) | Thermo Fisher Scientific | 50-190-0273 | Lokalizacja firmy: Waltham, MA, USA |
| Cytrynian sodu krew | kurczaka Lampire biologiczne | 7201406 | Lokalizacja firmy: Everett, PA, USA |
| Fisherbrand Kwadratowa szalka Petriego (10 cm x 10 cm) | Thermo Fisher Scientific | FB0875711A | Company Lokalizacja: Waltham, MA, USA |
| Tegaderm | Henry Schein Inc. | 7771180 | Lokalizacja firmy: Melville, NY USA |
| Pokarm dla ryb tropikalnych | Tetramin | N/A | |
| Bibuła filtracyjna Whatman | Thermo Fisher Scientific | 09-927-826 | Lokalizacja firmy: Waltham, MA, USA |
| Bibuła filtracyjna Whatman, 4,25 cm | Sigma Aldrich | 1001-042 | Lokalizacja firmy: St. Louis, MO, USA |
Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.
Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article
Request Permission