Identifique as dimensões de uma placa PA14 contendo os worms de estágio L4 executando o script Python extract_frame.py. Em seguida, abra o arquivo JPEG no ImageJ. No menu, escolha Analisar e, em seguida, Definir medidas.
Verifique se a caixa de rótulo de exibição está marcada e feche a janela. Usando a ferramenta de linha reta, meça o diâmetro de uma placa desenhando uma linha sobre ela. Em seguida, escolha Analisar e, em seguida, Medir no menu.
Se o vídeo estiver em 1080 pixels, cada placa terá cerca de 480 pixels de largura. Insira essas informações no bloco de notas para ser usado posteriormente e feche a janela de resultados. Usando a ferramenta multiponto, marque pontos no lado superior esquerdo de cada placa que se tornarão o canto superior esquerdo dos vídeos cortados.
Marque-o na ordem de quando as placas foram iniciadas. Depois de criar um ponto para todas as placas, escolha Analisar e, em seguida, Medir no menu. As medidas, incluindo as coordenadas X e Y dos pontos, aparecerão na janela de resultados.
Para processar vários vídeos, repita o processo no ImageJ com outros arquivos JPEG. Todas as coordenadas X e Y serão listadas na mesma janela de resultados. Salve a janela de resultados em um arquivo CSV.
O arquivo deve ser salvo no mesmo diretório que os arquivos de filme. Para encontrar a hora de início de cada placa, reproduza o filme no computador ou telefone e anote os horários de início de cada conjunto de placas colocadas sob a câmera. Abra os resultados.
CSV com as coordenadas e adicionar uma coluna inicial. Para cada linha correspondente a chapas individuais, insira a hora de início apropriada em segundos sob a coluna de início. Salve o arquivo.
Para cortar e cortar os vídeos, execute o crop_n_trim. script py. Escolha os resultados.
arquivo csv. Insira as dimensões da placa e o valor de pixel observado anteriormente. O script agora lerá cada linha dos resultados.
csv para localizar o arquivo de filme correto depois que o script terminar de ser executado. Uma pasta aparecerá com o mesmo nome do filme, seguida da hora de início em que os vídeos correspondentes ao ensaio serão salvos. Para contagem manual, abra cada arquivo AVI no ImageJ.
Conte os vermes que estão visíveis fora do gramado e, em seguida, calcule a taxa de ocupação para cada ponto de tempo. Os vermes selvagens do tipo N2 progressivamente deixaram o gramado bacteriano e permaneceram do lado de fora, como observado na taxa de ocupação ao longo do tempo. As contagens feitas diretamente das placas foram comparadas com as contagens de vermes fotografados.
As contagens feitas a partir de vermes fotografados revelaram-se altamente precisas. Quando três ensaios para cada cepa foram calculados em conjunto, as linhagens N2 e NPR1 apresentaram 99,5% e 96,2% de precisão, respectivamente.
