Para começar, baixe o repositório de alinhamento CLOCCS inserindo o comando no terminal. Crie um ambiente de conda usando o conda.rec. yml inserindo o comando no terminal na pasta onde o repositório de alinhamento CLOCCS foi clonado.
Clique duas vezes no cloccs_v2023. jar localizado na pasta CLOCCS no repositório de alinhamento CLOCCS e aguarde a abertura de uma interface gráfica do usuário. A tela permite opções de entrada para a execução do CLOCCS e exibe os resultados uma vez executados.
Insira as condições experimentais especificando a temperatura em Celsius usando a caixa de texto rotulada Temperatura e especifique o método de sincronização usando o menu suspenso Synchro.method. Para inserir as configurações dos dados de brotamento, escolha a opção Bud para levedura de brotamento no menu suspenso Tipo de modelo. Importe os dados carregando um arquivo usando o botão Selecionar arquivo ou digitando-o nas caixas de entrada de texto do painel Importação de dados.
A primeira coluna especifica os pontos de tempo e as outras duas colunas especificam os dados de brotamento. Para inserir as configurações dos dados de citometria de fluxo, selecione a seção Fluxo no menu suspenso Tipo de modelo. Importe os dados usando o painel Importação de Dados e clique em Selecionar Arquivo.
Em seguida, selecione os pontos de tempo na caixa Tempos para ajuste para os quais um ajuste de CLOCCS por citometria de fluxo deve ser plotado. Depois que todas as entradas tiverem sido selecionadas para brotamento ou citometria de fluxo, clique no botão Aplicar e, em seguida, no botão Amostra na parte superior da tela. Exiba a curva de brotamento ou gráficos de citometria de fluxo na guia Ajustes previstos.
Obtenha os parâmetros CLOCCS a partir do ajuste selecionando a guia Parâmetros posteriores. A tabela resultante tem cada linha consistindo no parâmetro, com a linha final sendo a posterior. As colunas consistem no parâmetro previsto para a média, intervalo de confiança inferior a 2,5%, intervalo de confiança superior de 97,5% e taxa de aceitação.
As curvas de brotamento do CLOCCS foram ajustadas adequadamente, como demonstrado pelos pontos de dados sobrepondo a curva de ajuste correspondente com uma pequena banda de confiança de 95%. Com dados de fase do ciclo celular da citometria de fluxo, o CLOCCS produz um ajuste de CLOCCS para cada ponto de tempo selecionado.
