Plote as curvas de brotamento antes do alinhamento usando a função de utilitário Python inserindo o comando em uma nova célula. Em seguida, plote as curvas de brotamento após o alinhamento. Usando a função de utilitário Python.
Use a comparação de gráfico de linha de plotagem fornecida no frasco de utilitários Python para executar comparações de gráfico de linha no quadro de dados original, alinhado ou alinhado e interpolado. Ao digitar o comando em uma nova célula, importe um arquivo de lista de genes CSV ou TSV para o bloco de anotações usando o comando em uma nova célula. Em seguida, use a comparação de mapa de calor de gráfico de função fornecida no arquivo de utilitários Python para executar uma comparação de mapa de calor no quadro de dados alinhado interpolado e alinhado à fase digitando o comando em uma nova célula.
Uma comparação dos dados transcriptomáticos alinhados e não alinhados mostrou que, antes do alinhamento, o primeiro pico de expressão dos experimentos de microarranjos apareceu alinhado com o segundo pico do experimento RNA-seq. No entanto, após o alinhamento, os primeiros picos do ciclo celular de cada conjunto de dados são alinhados adequadamente. A comparação dos dados de fase do ciclo celular entre experimentos com períodos variados exibiu diferenças visíveis de período nas curvas de brotamento não alinhadas.
Enquanto o alinhamento dos relógios fez com que as três curvas parecessem notavelmente semelhantes, tornando possíveis comparações de dados experimentais, os dados de fase do ciclo celular para cada ponto comparável da linha de vida não foram idênticos entre as duas condições. A comparação dos dados transcriptômicos entre experimentos com períodos variados mostrou que, antes do alinhamento, a dinâmica de transcrição do CDC20 não se sobrepunha. Mas, após o alinhamento, os picos ocorreram na mesma fase do ciclo celular, mas as formas das curvas eram diferentes.
Os genes foram plotados como mapas de calor na mesma ordem para as três condições para desalinhadas e alinhadas.
