Para começar, baixe um arquivo de entrada delimitado por vírgulas de exemplo contendo medidas de metabólito. Clique duas vezes no arquivo de exemplo baixado para abri-lo e verifique se ele contém nomes de exemplo na coluna um e atribuições de grupo na coluna dois. As colunas restantes contêm metabólitos e cada linha representa uma amostra.
Em seguida, faça o download do aplicativo Filigree Java e clique duas vezes no download. jar para iniciar o aplicativo. Na guia Dados, clique no botão Procurar para carregar o arquivo de entrada.
Em Especificar Colunas ou Linhas, clique na seta suspensa ao lado de ID de exemplo para selecionar o nome da coluna ou linha correspondente no arquivo de entrada. Em seguida, selecione Amostra. Em seguida, clique na seta suspensa ao lado de Grupo para selecionar a coluna ou linha correspondente no arquivo de entrada e selecione Grupo.
Em Especificar Grupos de Exemplo, clique nas setas suspensas ao lado de cada grupo para selecionar a coluna de grupo correspondente no arquivo de entrada. Em Agrupamento de Recursos, marque a caixa ao lado do método desejado, calcular grupos de recursos. Clique no mapa de calor de exibição para exibir o mapa de calor e determinar uma redução percentual desejada.
Em seguida, usando o controle deslizante de redução de recursos, selecione a redução percentual desejada de recursos e deslize o pequeno círculo até que a redução percentual mostre uma relação recurso/amostra de 1,25. Clique no botão Avançar para ir para a guia Análise. Em selecionar diretório de saída, clique no botão Procurar e selecione o local de diretório desejado para armazenar os arquivos de saída gerados.
Clique no botão Executar análise. Ao exibir a mensagem, a análise foi concluída com êxito, clique no botão OK na janela pop-up. Em seguida, na guia Análise, clique no botão Procurar Redes para abrir as sub-redes de filigrana interativas em uma guia do navegador.
Na coluna nome da sub-rede, clique no link Sub-rede 1. Em seguida, explore a sub-rede interativa clicando no botão de adição e amplie a parte da rede e clique no botão de subtração para reduzir. Clique em um nó de grupo e arraste-o para reposicioná-lo dentro da sub-rede.
Em seguida, clique no botão Expandir Recursos para expandir todos os nós do grupo e revisar os compostos específicos que compõem os nós do grupo. Em seguida, clique no botão Recolher Recursos para recolher os nós de grupo expandidos recentemente. Em seguida, clique no botão Por Grupo de Amostra para alterar a exibição de uma única sub-rede para várias sub-redes divididas por um grupo.
Em seguida, usando a visualização das sub-redes, explore e compare os grupos. Clique no botão Todas as amostras para voltar ao modo de exibição de sub-rede única e clique no botão Avançar para exibir a próxima sub-rede. A rede diferencial construída usando as medidas de metabólitos plasmáticos de camundongos diabéticos tipo 1 e não-diabéticos revelou um maior grau de conectividade de rede no grupo não-diabético.
Os resultados da análise de enriquecimento mostraram que nove dos 12 módulos metabólicos identificados foram significativamente diferentes entre camundongos com diabetes tipo 1 e não diabéticos.
