Antes de iniciar a instalação do SCRAP na plataforma Mac OSX, execute o comando que git no terminal para confirmar a existência do Git. Para verificar a instalação do Miniconda, digite qual conda no terminal. Para instalar o Miniconda, consulte o arquivo de marcação Configuração da plataforma no repositório GitHub do Meffert Lab para obter instruções sobre como instalar no Windows, Mac OS e Ubuntu Para sistemas Mac, usando o Home Brew Package Manager, use o comando brew install miniconda para instalar o Miniconda.
Para instalar o Conda, execute o conda init, especificando o shell em uso, feche e reabra o shell. Uma instalação bem-sucedida exibe o ambiente base ativado na sessão de terminal. Em seguida, execute o clone git indicado para obter a cópia mais recente do código-fonte SCRAP.
Instale o Mamba, um solucionador de pacotes aprimorado para o Conda. Usando o comando a seguir, instale todas as dependências para SCRAP a partir do SCRAP_environment. yml para o seu próprio ambiente Conda.
Em seguida, use o script bash indicado, específico para o organismo cujas interações de RNAm SNC RNA são analisadas para SCRAP. Forneça o diretório da pasta de origem SCRAP e execute as etapas de instalação usando os arquivos dentro das pastas FASTA e de anotação. Verifique se o caminho do diretório está completo e termina com uma barra.
Consulte as tabelas em Leia-me. md para as abreviaturas corretas das espécies de miRBase. Para obter o genoma de referência atualizado, use o UCSC Genome Browser ou o NCBI Genome Data Hub.
Inspecione a espécie.anotação correspondente. arquivos de cama no diretório de anotação na pasta de origem SCRAP. Se houver necessidade de analisar uma espécie diferente, forneça um arquivo indicado.
Depois de instalar dependências e SCRAP, use o script indicado para iniciar a análise SCRAP com a estrutura de comando especificada. Liste o caminho completo para os diretórios de exemplo sem qualquer abreviação e formate os diretórios de exemplo com o nome da pasta correspondente ao nome do exemplo. Enfatize que o caminho listado leva ao diretório que contém todas as pastas de exemplo e não a uma pasta ou arquivo de exemplo individual.
Em seguida, liste o caminho inteiro para o arquivo do adaptador. Verifique se os nomes de exemplo no arquivo do adaptador correspondem aos nomes de pasta e nomes de arquivo mencionados anteriormente. Especifique o tipo de amostra, extremidade emparelhada ou extremidade única, e indique a escolha de filtros de RNA para pré-mRNAs, tRNAs e, opcionalmente, limpeza de RNA.
Liste o caminho inteiro para o diretório de referência. miRBase e a abreviatura do genoma de referência.
