Depois de executar SCRAP, use o comando de script indicado para executar a chamada de pico. Liste os caminhos completos para o diretório que contém as pastas de exemplo e o arquivo do adaptador. Em seguida, defina os critérios para chamadas de pico, incluindo o número mínimo de leituras de sequenciamento e o número de bibliotecas de sequenciamento distintas necessárias para que um pico seja reconhecido.
Indicar se os picos devem ser contribuídos por sncRNAs da mesma família, o que é relevante para miRNAs que compartilham sequências de sementes e podem se ligar a alvos gênicos sobrepostos. Em seguida, indique o caminho completo para o diretório de referência, a abreviação de base MIR e a abreviação do genoma de referência. Após a chamada de pico, execute o script de anotação de pico.
Forneça o caminho completo para os picos resultantes. leito do pico chamando para o diretório de referência e as espécies desejadas para anotação. Use samtools merge para mesclar todos os arquivos bam desejados para facilitar a visualização combinada.
Em seguida, use a classificação samtools para classificação linha por linha de mesclados. arquivo bam. Indexe os classificados.
BAM usando o índice Samtools, gerando um arquivo binário SAMTOOLS Format Index necessário para ferramentas de visualização genômica. Por fim, no visualizador de genômica integrativa, abra o classificado. BAM e indexado.
por arquivo. A aplicação de uma versão modificada do SCRAP a conjuntos de dados de sequenciamento previamente publicados revelou uma diminuição nas interações de miRNA com regiões do íntron. A redução foi observada após o isolamento de interações de alta confiança por meio de picos de chamada com SCRAP.
