Para começar, conecte um dispositivo portátil de imagem estomática a um computador equipado com software de aquisição de imagens. Use um pedaço de papel para remover cuidadosamente as gotículas de água das folhas inoculadas de Pseudomonas seringas da planta Arabidopsis thaliana. Agora abra a tampa superior do dispositivo, coloque a folha no palco e feche a tampa.
Ajuste o foco usando o parafuso do ajustador e clique em Salvar imagem no computador para capturar a imagem. Para realizar a medição automatizada da abertura estomática, abra o notebook Google Colaborator. Clique em Arquivo seguido de Salvar uma cópia no drive para fazer uma cópia local no Google Drive.
Quando uma nova guia for aberta, feche a guia do bloco de anotações original. Pressione o botão Executar na seção Configuração ambiental no bloco de anotações para importar as bibliotecas necessárias sem desdobrar os blocos de células. Na seção Configurações do diretório, crie três pastas no Google Drive para análise.
Mova as imagens adquiridas para a pasta example_result, categorizando-as por tratamento ou amostra para geração final do gráfico. Clique em Baixar modelos treinados para baixar os arquivos ONNX dos modelos treinados da Zenodo. Coloque os arquivos baixados no diretório do modelo.
Execute a inferência e a medição da parte da abertura estomática do notebook para quantificar a abertura estomática a partir de imagens individuais. As imagens resultantes com inferência sobreposta e o example_result. O arquivo CSV será exportado para o diretório inference_results.
Execute a seção Geração de gráfico para criar um gráfico sobre a razão de abertura estomática. Exporte este gráfico para o diretório inference_results. Uma diminuição na abertura estomática em plantas inoculadas com Pto em comparação com plantas inoculadas simuladas foi observada uma hora após a inoculação.
Três horas após a infecção, a abertura estomática nas plantas inoculadas com Pto e nas plantas inoculadas simuladas eram praticamente as mesmas. A medição automatizada da abertura estomática levou aproximadamente cinco segundos para processar uma imagem, resultando em uma redução de 95% no tempo de medição.
