Para começar, inicie o software de processamento de imagens, selecione o arquivo, abra os dados e escolha as imagens digitalizadas de micro TC geradas anteriormente no formato dot BMP. Quando a janela dos parâmetros de leitura da imagem for aberta, confirme os parâmetros e aceite se estiver correto. No painel principal, clique na visualização do projeto para localizar um novo objeto criado com o nome do arquivo ponto BMP.
Clique com o botão direito do mouse no objeto criado e selecione a opção ortho slice, em seguida, clique em criar. Em Propriedades, selecione o plano de orientação e o número da fatia a serem vistos. Para obter volumes 3D da cabeça completa no painel principal, vá para a visualização do projeto, clique com o botão direito do mouse no objeto de imagem, selecione a opção de limite interativo e clique em criar.
Em propriedades, altere os valores de limite mínimo RGB e limite máximo RGB até que a parte da imagem correspondente à cabeça do animal seja selecionada. Em seguida, selecione aplicar. Clique com o botão direito do mouse no objeto de limite criado na visualização do projeto.
Em propriedades, selecione isosurface, escolha um limite para visualizar a superfície e clique em aplicar. Para digitalizar os pontos de referência, clique com o botão direito do mouse na visualização do projeto, selecione criar objeto, selecione pontos e linhas seguidos de pontos de referência e, em seguida, clique em criar. Em seguida, clique com o botão direito do mouse nos novos pontos de referência do objeto.
Selecione a visualização do ponto de referência e clique em criar. Em tamanho, modifique o tamanho do ponto. Para adicionar pontos de referência nas propriedades, no modo de edição, selecione adicionar.
Digitalize cinco pontos igualmente distribuídos ao redor das curvas até o próximo ponto na intersecção do córtex mesencefálico e, em seguida, digitalize oito pontos semi ao redor do córtex. Para salvar os pontos digitalizados, clique com o botão direito do mouse nos pontos de referência do objeto e escolha salvar dados. Para segmentar o cérebro, clique com o botão direito do mouse na visualização do projeto, seguido de criar objeto, selecione imagens e campos e, em seguida, rotule o campo.
Clique em criar. Selecione o objeto de campo de rótulo e pressione a opção editor de segmentação em Propriedades. Sob materiais, adicione um novo material e renomeie-o como cérebro.
Sob seleção, escolha o corte atual para segmentar o tecido correspondente ao cérebro em cada fatia. Nas ferramentas, use a varinha mágica e o pincel para selecionar o tecido cerebral em cada fatia. Em seguida, em seleção, pressione adicionar.
Agora volte para a visualização do projeto, clique com o botão direito do mouse no campo de rótulo e selecione gerar superfície e, em seguida, clique em aplicar. Uma vez obtida a superfície, aplique a superfície do extrato para exportá-la. Com a microtomografia computadorizada, apesar do pequeno tamanho dos cérebros neonatais de camundongos, as estruturas anatômicas como os bulbos olfatórios, córtex, mesencéfalo, cerebelo e cérebro posterior podem ser distinguidas.
A segmentação manual de todo o cérebro resultou na reconstrução do modelo 3D do cérebro do neonato.
