Para começar, com um pincel, transfira embriões de drosófila desclorados para uma longa faixa de ágar uva. Use uma agulha de dissecação para alinhar cerca de 60 embriões ao longo da borda da tira com suas partes posteriores voltadas para fora. Agora coloque uma fita dupla-face de 18 milímetros de comprimento longitudinalmente ao longo da borda de uma lamínula.
Depois de remover o suporte, pressione suavemente a lamínula sobre os embriões alinhados, transfira a lamínula com embriões para uma caixa contendo um dessecante. Adicione óleo de carbono halo sobre eles. Para microinjetar os embriões, primeiro coloque dois microlitros de DNA em uma agulha usando uma pipeta esticada.
Coloque os embriões alinhados com óleo de carbono halo sob um microscópio invertido. Em seguida, use um micromanipulador para inserir a agulha nas extremidades posteriores de um embrião. Com o controle do pé, injete cuidadosamente o DNA no embrião.
Remova a agulha após a conclusão da microinjeção do primeiro embrião e, em seguida, mova-a para a extremidade posterior do próximo embrião. Transfira os embriões injetados para uma placa de ágar para incubação. Quando os ovos eclodirem, prepare um frasco com comida.
Adicione algumas gotas de água destilada ao frasco. Com um microscópio estéreo e um pincel, colete as larvas eclodidas e transfira-as para o frasco. Incube o frasco a 25 graus Celsius sob 50% a 60% de umidade por 10 dias.
Embriões secos demais parecem deformados e não podem ser usados para microinjeção. Embriões sub-secos vazaram uma grande quantidade de citoplasma quando perfurados, reduzindo assim as taxas de sobrevivência. Embriões adequadamente secos vazaram apenas um pequeno volume, se houver, quando injetados.
A linhagem de drosófila que expressa a integrase phiC31 usada para microinjeção de embriões tinha olhos brancos. As moscas envelhecidas deste genótipo têm olhos rosados resultantes da proteína fluorescente vermelha acumulada expressa especificamente no olho. Moscas transgênicas portadoras de um transgene no local de ancoragem attP2 com olhos laranja foram produzidas com sucesso.