Para começar, obtenha sementes de pepino e desinfete-as com etanol a 75%, seguido de solução de hipoclorito de sódio a 2%. Depois de enxaguar as sementes em água estéril, germiná-las em condições estéreis. Transplante as mudas de duas folhas germinadas consistentemente em vasos contendo dois quilos de terra preta.
Quando as mudas atingirem o estágio de quatro folhas, inverta o vaso e isole as raízes junto com o solo da rizosfera de dois milímetros de espessura usando luvas esterilizadas. Coloque as raízes em 30 mililitros de tampão PBSS em um tubo de centrífuga de 50 mililitros. Agite o tubo por 20 minutos e filtre a suspensão através de um filtro de células de náilon de 100 micrômetros para remover raízes ou sedimentos grandes.
Transferir o filtrado para outro tubo de centrifugação de 50 ml e centrifugá-lo a 3 200 g durante 15 minutos à temperatura ambiente. Armazene temporariamente o tubo a quatro graus Celsius antes da extração das células bacterianas do solo da rizosfera.