Para começar, coloque o animal preparado e anestesiado na mesa de operação para o procedimento. Usando um cotonete, aplique Betadine na pele preparada em movimentos espiral, começando pelo centro da área cirúrgica. Em seguida, limpe a área com uma compressa com álcool.
Usando uma tesoura pequena, faça um corte vertical entre o canto do olho e a dobra da orelha para expor a fáscia superficial e o músculo subjacente. Em seguida, empregando pinças afiadas e tesouras curvas, corte cuidadosamente a camada muscular até chegar ao crânio. Empregando uma ferramenta de cauterização com fórceps, coagule qualquer sangue emergente antes de alargar a janela conforme necessário para garantir uma rota clara para o crânio.
Depois de enxugar com cotonetes para remover o excesso de sangue, coloque o animal em decúbito dorsal. Use uma pinça para retrair qualquer pele ou tecido e coloque a sonda Doppler na janela periorbital de modo que ela encoste no crânio sem que nenhuma pele ou músculo obstrua o sinal do laser. Prenda a sonda com fita adesiva de laboratório.
Monitore as leituras relativas do fluxo sanguíneo usando o software apropriado. Um padrão típico de isquemia durante a cirurgia de oclusão da artéria cerebral média distal ou da ACM foi evidente, pois houve uma rápida queda do fluxo sanguíneo cerebral quando a artéria carótida foi amarrada no filamento avançado para o osteo da ACM, seguida por um rápido aumento do FSC indicando reperfusão quando o filamento foi retirado e a artéria carótida foi desamarrada. O traçado durante a cirurgia de MCAO em ratos e camundongos mostrou falha na isquemia devido a uma oclusão carotídea solta, indicada por uma queda lenta no FSC.