RNA纯化的染色质隔离（CHIRP）

长非编码RNA的染色质状态的关键调节剂量补偿，压印和发育的基因表达^{1,2,3,4,5,6,7，}如重要的生物过程。最近发现的成千上万的在特定的染色质修饰复合物，如多梳镇压复杂2（PRC2），的关联lnc​​RNAs与介导的组蛋白H3赖氨酸27三甲基化（H3K27me3），建议在管理中的特定基因的染色质状态的众多lncRNAs广泛的角色时尚^8,9。虽然一些lncRNAs被认为在邻近基因的顺，其他lncRNAs工作的反式调节基因的远亲位于。例如， 果蝇 lncRNAs roX1和roX2绑定的雄性细胞的X染色体上的许多地区，是至关重要的剂量补偿^10,11。然而，他们的结合位​​点的确切位置，不知道在高分辨率。同样，人类的lncRNA热风可以影响对H PRC2占用基因的全基因组^3,12,13，但特异性是如何实现的undreds目前还不清楚。 LncRNAs也可以作为模块化脚手架，聘请多蛋白质复合物的组装。经典反义RNA支架是TERC的RNA，由于复杂的¹⁴端粒酶模板和脚手架;热风也可以作为一个PRC2脚手架和H3K4的去甲基复杂的^13。

此前的研究显示映射在染色的RNA占用大量的见解^15,16，但只有一次一个单一的基因位点。占用网站的大多数lncRNAs的是不知道，和染色质调控lncRNAs的角色大多已推断的lncRNA扰动的间接影响。正如染色质免疫芯片或深度测序（芯片的芯片或芯片SEQ，分别）大大改善了我们的基因组规模的蛋白质-DNA相互作用的理解，在这里我们说明了recenTLY出版策略映射在高分辨率¹⁷长的RNA入住的全基因组。基于这种方法，通过RNA纯化（CHIRP）（ 图1），染色质隔离亲和力捕捉目标lncRNA：染色质复杂，由平铺反义寡核苷酸，然后生成基因组结合位点的地图，在几百基地的决议高灵敏度和低背景。 CHIRP是适用于许多lncRNAs因为亲和探针的设计是简单的RNA序列，并要求没有RNA的结构或功能域的知识。