Chromatin Isolering af RNA Oprensning (chirp)

Lange noncoding RNA er vigtige regulatorer af kromatin stater for vigtige biologiske processer såsom dosering kompensation, prægning, og udviklingsmæssige genekspression ^{1,2,3,4,5,6,7.} Den nylige opdagelse af tusindvis af lncRNAs i samarbejde med specifikke kromatin ændring komplekser, såsom Polycomb Undertrykkende Complex 2 (PRC2), der medierer histon H3 lysin 27 trimethylation (H3K27me3), foreslår roller, for mange lncRNAs i forvaltningen af ​​kromatin stater i et gen-specifik mode ^8,9. Mens nogle lncRNAs menes at virke i cis for tilstødende gener, andre lncRNAs arbejder i trans for at regulere fjernt beliggende gener. For eksempel er Drosophila lncRNAs roX1 og roX2 binder mange regioner på X-kromosomet af mandlige celler og kritisk for dosering erstatning ^10,11. Imidlertid er de nøjagtige placeringer af deres bindingssteder ikke kendt med høj opløsning. Tilsvarende kan humant lncRNA HOTAIR påvirke PRC2 belægning på hundreds af gener genom-dækkende ^3,12,13, men hvordan specificitet opnås, er uklart. LncRNAs kan også tjene som modulære stilladser at rekruttere samling af flere protein komplekser. Den klassiske trans-virkende RNA stillads er tert RNA, der tjener som template og stativ til telomerase komplekset ^14, HOTAIR kan også tjene som et stillads til PRC2 og H3K4 demethylase kompleks ^13.

Tidligere undersøgelser kortlægning RNA belægning på chromatin har afsløret væsentlige indsigt ^15,16, men kun ved en enkelt genlocus ad gangen. De belægning steder fleste lncRNAs er ikke kendt, og de roller lncRNAs i kromatin forordning er blevet det meste udledes de indirekte effekter af lncRNA forstyrrelse. Ligesom kromatin immunofældning efterfulgt af microarray eller dyb sekventering (Chip-chip eller chip-seq, henholdsvis) har i høj grad forbedret vores forståelse af protein-DNA interaktioner på en genomisk skala, her viser vi en recently offentliggjort strategi for at kortlægge lange RNA belægning genom-dækkende i høj opløsning ^17. Denne fremgangsmåde, chromatin Isolation af RNA Oprensning (chirp) (figur 1), er baseret på affiniteten indfangning af mål lncRNA: chromatin kompleks af fliser antisense-oligoer, der genererer derefter et kort over genomiske bindingssteder med en opløsning af flere hundrede baser med høj følsomhed og lav baggrund. Chirp er anvendelig til mange lncRNAs fordi udformningen af ​​affinitets-prober er ligetil givet RNA-sekvens og kræver ingen viden om RNA struktur eller funktionelle domæner.