Isolement de la chromatine par purification d'ARN (CHIRP)

ARN non codant longues sont des régulateurs clés de états de la chromatine pour des processus biologiques importants tels que la compensation de dosage, d'impression, et l'expression des gènes de développement ^{1,2,3,4,5,6,7.} La découverte récente de milliers de lncRNAs en association avec des complexes spécifiques modification de la chromatine, comme complexe Polycomb répressive 2 (PRC2) qui assure la médiation histone H3 lysine 27 triméthylation (H3K27me3), suggère grands rôles pour de nombreuses lncRNAs dans la gestion des états de chromatine dans un gène spécifique la mode ^8,9. Alors que certains sont lncRNAs pensé à travailler en cis sur les gènes voisins, d'autres travaillent dans lncRNAs trans pour réguler les gènes situés loin. Par exemple, chez la drosophile lncRNAs roX1 et roX2 régions lient de nombreux sur le chromosome X des cellules mâles, et sont essentiels pour ^10,11 compensation de dosage. Toutefois, les emplacements exacts de leurs sites de liaison ne sont pas connus à haute résolution. De même, l'homme lncRNA Hotair peut affecter PRC2 d'occupation sur les hes centaines de gènes du génome entier ^3,12,13, mais comment la spécificité est atteint n'est pas claire. LncRNAs peut également servir comme des échafaudages modulaires pour recruter l'assemblage des complexes protéiques multiples. Le classique agissant en trans ARN échafaud est le TERC ARN qui sert de modèle et d'échafaudage pour la télomérase complexe ^14; Hotair peut aussi servir comme un échafaudage pour PRC2 et une déméthylase H3K4 complexe ^13.

Des études antérieures de cartographie d'occupation ARN à la chromatine ont permis de mieux comprendre substantielles ^15,16, mais seulement à un seul locus à la fois. Les sites d'occupation de la plupart des lncRNAs ne sont pas connus, et les rôles de lncRNAs en matière de réglementation chromatine ont été la plupart du temps induite par les effets indirects de la perturbation lncRNA. Tout comme immunoprécipitation de la chromatine suivie par microarray ou séquençage en profondeur (ChIP-chip ou ChIP-seq, respectivement) a grandement amélioré notre compréhension des interactions protéine-ADN sur une échelle génomique, ici, nous illustrer un recenTLY publié stratégie pour cartographier l'occupation à long génome à ARN à l'échelle à haute résolution ^17. Cette méthode, d'isolement de la chromatine par purification d'ARN (CHIRP) (Figure 1), est basée sur la capture d'affinité de la cible lncRNA: complexe de la chromatine par carrelage antisens-oligos, qui génère alors une carte de la génomique des sites de liaison à une résolution de plusieurs centaines de bases avec de sensibilité et d'arrière-plan faible. CHIRP est applicable à de nombreux lncRNAs parce que la conception de sondes affinité est simple compte tenu de la séquence d'ARN et ne nécessite aucune connaissance de la structure de l'ARN ou des domaines fonctionnels.