RNA精製によってクロマチンの単離（チャープ）

長い非コードRNAは、そのような投与量補正、プリント、発達遺伝子発現^{1,2,3,4,5,6,7}として重要な生物学的プロセスのためにクロマチン状態の重要な調節因子である。仲介ヒストンH3リジン27トリメチル（H3K27me3）は、遺伝子特異的にクロマチンの状態を管理するための多数のlncRNAsのための広範な役割を示唆しているようなポリコーム抑圧的な複合体2（PRC2）などの特定のクロマチン修飾複合体との関連でlncRNAs数千人の最近の発見ファッション^8,9。いくつかのlncRNAsが隣接遺伝子のシスに働くと考えられているが、他のlncRNAsは遠くに位置する遺伝子を調節するためにトランスで働いています。例えば、男性の細胞のX染色体上に、 ショウジョウバエ lncRNAs roX1とroX2バインド多数の領域、および量補償^10,11のために重要である。しかし、その結合部位の正確な場所は、高解像度で知られていません。同様に、ヒトlncRNAギョレメでは、hにPRC2占有に影響を与える可能性が遺伝子のゲノムワイド^3,12,13のundredsが、どのように特異性が達成されるかは不明である。 LncRNAsまた、複数のタンパク質複合体のアセンブリーを採用するモジュラー足場として機能することができます。古典的なトランス作用RNA足場は¹⁴複雑なテロメラーゼのテンプレートと足場としてTERC RNAである、ギョレメもPRC2のための足場と¹³の複雑なH3K4脱メチル化酵素として機能することができます。

クロマチンでのRNAの占有率をマッピングする先行研究は、実質的な洞察力^15,16を認めた^が 、一度に1つの遺伝子座でいます。最もlncRNAsの占有サイトが知られていない、とクロマチン調節におけるlncRNAsの役割は主にlncRNA摂動の間接的な影響から推測されています。マイクロアレイまたはディープシークエンシング（チップ·チップまたはチップ配列は、それぞれ）が続いてクロマチン免疫沈降が大きく、ゲノムスケールでのタンパク質-DNA相互作用の理解を向上させたように、ここではrecenを示していますTLY高解像度¹⁷で長いRNA占有ゲノムワイドにマッピングするための戦略を発表した。その後の数百塩基の解像度でゲノム結合部位のマップを生成するアンチセンスオリゴをタイルによってクロマチン複合体：このメソッドは、RNA精製（チャープ）（ 図1）によるクロマチンの単離、ターゲットlncRNAの親和性のキャプチャに基づいています高感度、低バックグラウンド。アフィニティープローブの設計は、RNA配列の指定された簡単で、RNAの構造や機能ドメインの知識は必要ありませんので、チャープは多くのlncRNAsに適用されます。