RNA 정제에 의한 염색질 절연 (처프)

긴 noncoding의 RNAs에는 투여 보상, 각인, 그리고 발달 유전자 발현 ^{1,2,3,4,5,6,7} 같은 중요한 생물 학적 과정 동안 염색질 상태 중 핵심 규제입니다. mediates 히스톤 H3 라이신 27 trimethylation (H3K27me3)가 유전자에 특정한에서 염색질 상태를 관리하는 수많은 lncRNAs에 대한 광범위한 역할을 제시하는 등 Polycomb 억압 단지 2 (PRC2)와 같은 특정 염색질의 수정 단지와 협회의 lncRNAs 수천명의 최근 발견 패션 ^8,9. 일부 lncRNAs은 인근의 유전자에있는 CIS에서 일할 것으로 생각되고 있지만, 다른 lncRNAs가 먼에 위치한 유전자를 조절하는 트랜스으로 작동합니다. 예를 들어, Drosophila lncRNAs roX1과 남성 세포 X의 염색체에 roX2 구속 수많은 지역 및이 복용량 보상 ^10,11 위해 중요합니다. 그러나 그들의 구속력이 사이트의 정확한 위치는 높은 해상도로 알려져 있지 않습니다. 마찬가지로, 인간 lncRNA HOTAIR은 H에 PRC2 인 영향을 미칠 수유전자 게놈 차원 ^{3,12,13,하지만} 어떻게 특이성이 이루어지면의 undreds가 불분명합니다. LncRNAs 또한 여러 단백질 단지의 어셈블리를 채용한 모듈형 공사장 공중 발판이 될 수 있습니다. 클래식 트랜스 연기 RNA 비계 ¹⁴ 복잡한 telomerase를위한 템플릿 및 발판 역할 TERC RNA이며 HOTAIR도 PRC2위한 발판와 ¹³ 단지 H3K4 demethylase로 검색할 수 있습니다.

염색질에서 RNA의 인지도를 선행 연구는 상당한 통찰력에게 ^15,16을 보여주지만, 한 번에 하나의 유전자 현장에있다. 대부분의 lncRNAs의 인 사이트는 알려져 있지되며, 염색질 조절에 lncRNAs의 역할은 주로 lncRNA의 섭동의 간접적인 영향으로부터 유추되었습니다. 염색질의 immunoprecipitation는 microarray 또는 깊은 시퀀싱 (각각 칩 칩 또는 칩 seq) 뒤에 것처럼 크게 게놈 규모의 단백질-DNA 상호 작용에 대한 우리의 이해를 개선하고있다, 우리가 recen을 보여주는tly 고해상도 ^{17 살의} 긴 RNA의 인 게놈 전체를 매핑하기위한 전략을 발표했다. 다음과 함께 수백 개의 기지의 해상도 게놈 바인딩 사이트의지도를 생성하는 안티 센스-oligos을 기와로 염색질 복합 : RNA의 정제 (처프) (그림 1)에 의해이 메소드는, 염색질 격리는 대상 lncRNA의 친화 캡쳐를 기반으로 고감도와 배경 쌉니다. 친화력 - 프로브의 설계는 RNA 시퀀스 주어진 간단하고 RNA의 구조 또는 기능적 도메인에 대한 지식을 필요로하지 않기 때문에 처프 다수 lncRNAs에 적용됩니다.