Kromatin Isolering av RNA Purification (kvitre)

Lange noncoding RNAS er sentrale regulatorer av kromatin stater for viktige biologiske prosesser som dosering kompensasjon, imprinting, og utviklingsmessige genuttrykk ^{1,2,3,4,5,6,7.} Den nylige oppdagelsen av tusenvis av lncRNAs i forbindelse med konkrete kromatin modifisering komplekser, som Polycomb Undertrykkende Complex 2 (PRC2) som medierer histone H3 lysin 27 trimethylation (H3K27me3), foreslår brede roller for mange lncRNAs i å håndtere kromatin stater i et gen-spesifikk mote ^8,9. Mens noen lncRNAs er tenkt å fungere i CIS på nærliggende gener, andre lncRNAs jobbe i trans å regulere fjernt beliggende gener. For eksempel Drosophila lncRNAs roX1 og roX2 binder mange regioner på X-kromosomet av mannlige celler, og er kritisk for dosering kompensasjon ^10,11. Imidlertid er de eksakte plasseringen av deres bindingssteder ikke kjent på høy oppløsning. Tilsvarende kan mennesker lncRNA HOTAIR påvirke PRC2 belegg på hundreds av gener genom-wide ^3,12,13, men hvor spesifisitet oppnås er uklart. LncRNAs kan også tjene som modulære stillasene å rekruttere montering av flere protein komplekser. Den klassiske trans-acting RNA stillaset er TERC RNA som fungerer som mal og stillaset for telomerase komplekse ^14; HOTAIR kan også tjene som et stillas for PRC2 og en H3K4 demethylase kompleks ^13.

Tidligere studier kartlegging RNA utleiegrad på kromatin har avdekket betydelige innsikt ^15,16, men bare på ett enkelt gen locus av gangen. Utleiegraden stedene i de fleste lncRNAs er ikke kjent, og rollene til lncRNAs i kromatin regulering har vært mest utledes fra de indirekte virkningene av lncRNA forstyrrelse. Akkurat som kromatin immunoprecipitation etterfulgt av microarray eller dyp-sekvensering (Chip-chip eller chip-seq, henholdsvis) har kraftig forbedret vår forståelse av protein-DNA vekselvirkninger på en genomisk skala, her vi illustrere en recently publisert strategi for å kartlegge lang RNA utleiegrad genom-wide med høy oppløsning ^17. Denne metoden, Chromatin Isolering av RNA Purification (kvitring) (figur 1), er basert på slektskap fangst av målet lncRNA: kromatin kompleks av flislegging antisens-oligos, som deretter genererer et kart over genomisk bindingssteder i en oppløsning på flere hundre baser med høy følsomhet og lavt bakgrunn. Chirp er aktuelt for mange lncRNAs fordi utformingen av affinity-prober er grei gitt RNA sekvensen og krever ingen kunnskap om RNA struktur eller funksjonelle domener.