Isolamento de cromatina por purificação de RNA (CHIRP)

RNAs não-codificantes longos são os reguladores de cromatina principais estados para processos biológicos importantes, como a compensação de dosagem, imprinting e expressão de genes de desenvolvimento ^{1,2,3,4,5,6,7.} A recente descoberta de milhares de lncRNAs em associação com os complexos de cromatina específicos de modificação, tal como o complexo Repressiva Polycomb 2 (PRC2) que medeia a histona H3 lisina 27 trimethylation (H3K27me3), sugere as funções gerais para lncRNAs numerosos estados na gestão de cromatina em um gene específico moda ^8,9. Enquanto alguns lncRNAs são pensados ​​para trabalhar em cis em genes vizinhos, lncRNAs outros trabalhar em trans para regular genes localizados distantes. Por exemplo, Drosophila lncRNAs roX1 e roX2 regiões ligam numerosos no cromossomo X de células masculinas, e são críticas para a compensação de dosagem ^10,11. No entanto, as localizações exatas dos seus locais de ligação não são conhecidos em alta resolução. Da mesma forma, humana lncRNA hotair pode afectar PRC2 ocupação em hundreds de genes do genoma ^3,12,13, mas como especificidade o objectivo é claro. LncRNAs também pode servir como suportes modulares para recrutar o conjunto de complexos de proteínas múltiplas. O clássico trans-acting RNA andaime é o RNA TERC que serve como o modelo e andaime para a telomerase complexo ^14; hotair também pode servir como um andaime para PRC2 e um desmetilase H3K4 complexo ^13.

Estudos anteriores de mapeamento de ocupação de RNA em cromatina revelaram percepções substanciais ^15,16, mas apenas com um único locus do gene de cada vez. Os locais de ocupação da maioria dos lncRNAs não são conhecidos, e os papéis de lncRNAs na regulação da cromatina foram principalmente inferida a partir dos efeitos indiretos da perturbação lncRNA. Assim como imunoprecipitação de cromatina seguido por microarray ou seqüenciamento profunda (CHIP CHIP ou CHIP-seq, respectivamente) tem melhorado muito a nossa compreensão de interações DNA-proteína em escala genômica, aqui nós ilustrar um Recenqüentemente publicado estratégia para mapear ocupação RNA longo de todo o genoma em alta resolução ^17. Este método de isolamento, cromatina pela RNA Purificação (CHIRP) (Figura 1), baseia-se na captura de afinidade de alvo lncRNA: Complexo de cromatina por ladrilhos anti-sentido-oligos, que gera então um mapa de sítios de ligação genómicos com uma resolução de várias centenas de bases com sensibilidade elevada e baixa do fundo. CHIRP é aplicável a muitos lncRNAs porque o desenho de afinidade sondas é simples, dada a sequência de RNA e não requer conhecimento da estrutura do RNA ou domínios funcionais.