Хроматина Изоляция очистки РНК (чирпа)

Длинные РНК некодирующих являются ключевыми регуляторами хроматина государств для важных биологических процессов, таких как дозовой компенсации, печать, и развития генной экспрессии ^{1,2,3,4,5,6,7.} Недавнее открытие тысяч lncRNAs в связи с конкретной модификации хроматина комплексов, таких как Polycomb Репрессивные Комплекс 2 (PRC2), который является посредником гистона H3 лизин 27 триметилирование (H3K27me3), предлагает широкую роль для многочисленных lncRNAs хроматина в управлении государства в конкретных генов мода ^8,9. Хотя некоторые lncRNAs, как считается, работают в странах СНГ на соседние гены, другие lncRNAs работать в транс, чтобы регулировать отдаленно расположенных генов. Например, у дрозофилы lncRNAs roX1 и roX2 связывают многочисленные области на Х-хромосоме мужских клеток и имеют решающее значение для дозовой компенсации ^10,11. Тем не менее, точные места их сайтов связывания не известны в высоком разрешении. Кроме того, человек lncRNA Hotair может повлиять на размещение PRC2 чundreds генов генома ^3,12,13, но как специфика достигается не ясна. LncRNAs может также служить в качестве модульных лесов на работу сборки нескольких белковых комплексов. Классический транс-действующие РНК леса является TERC РНК, которая служит в качестве шаблона и леса для теломеразы комплекс ^14; Hotair может также служить каркасом для PRC2 и H3K4 деметилазы комплекс ^13.

Предыдущие исследования отображения РНК на размещение хроматина выявили существенные идеи ^15,16, но только на одного локуса гена одновременно. Размещение сайтов наиболее lncRNAs не известны, и роль в регуляции lncRNAs хроматина были в основном выведены из косвенных последствий возмущение lncRNA. Так же, как хроматин иммунопреципитации следует микрочипов или глубокой последовательности (Chip-чипа или чип-далее, соответственно) значительно улучшило наше понимание белок-ДНК взаимодействий на геномную масштаба, здесь мы проиллюстрируем recenTLY опубликованы стратегия для отображения длительный размещение РНК генома с высоким разрешением ^17. Этот метод, хроматина Выделение РНК очистки (чирпа) (рис. 1), основаны на близости захвата целевой lncRNA: хроматин комплекса плитки антисмысловых олигонуклеотидов, которые затем генерирует карту генома сайты связывания с разрешением в несколько сотен баз Высокая чувствительность и низкий фон. CHIRP распространяется на многие lncRNAs, потому что проект сродства-зондов является простым, учитывая последовательность РНК и не требует знания структуры РНК или функциональных областей.