Kromatin Isolering av RNA Rening (chirp)

Långa icke-kodande RNA är viktiga regulatorer för kromatin staterna i viktiga biologiska processer såsom dosering kompensation, prägling och utvecklande genuttryck ^{1,2,3,4,5,6,7.} Den senaste upptäckten av tusentals lncRNAs i samband med specifika komplex kromatin ändringar, till exempel Polycomb repressiva komplex 2 (PRC2) som förmedlar histon H3 lysin 27 trimethylation (H3K27me3) föreslår breda roller för många lncRNAs i hanteringen kromatin tillstånd i en gen-specifik fashion ^8,9. Medan vissa lncRNAs tros arbeta i cis på angränsande gener, andra lncRNAs arbeta i trans för att reglera avlägset belägna gener. Till exempel, Drosophila lncRNAs roX1 och roX2 binder många regioner på X-kromosomen av manliga celler och är avgörande för dosering skadestånd ^10,11. Emellertid är de exakta lägena för deras bindningsställen inte känt med hög upplösning. På samma sätt kan människor lncRNA HOTAIR påverkar PRC2 beläggningen på Hundreds av gener genomet hela ^3,12,13, men hur specificitet uppnås är oklart. LncRNAs kan också fungera som modulära ställningar att rekrytera montering av flera protein komplex. Den klassiska trans-verkande RNA ställningen är den TERC RNA som tjänar som templat och byggställning för telomeras komplex ^14; HOTAIR kan också tjäna som en byggnadsställning för PRC2 och en H3K4 demetylas komplex ^13.

Tidigare studier kartläggning RNA beläggning på kromatin har avslöjat stora insikter ^15,16, men bara på en enda gen locus åt gången. De beläggning platser i de flesta lncRNAs är inte kända, och de roller lncRNAs i kromatin förordningen har främst härledas från de indirekta effekterna av lncRNA störning. Precis som kromatin immunoprecipitation följt av microarray eller djup sekvensering (chip-chip eller Chip-punkter, respektive) avsevärt har förbättrat vår förståelse av protein-DNA interaktioner på en genomisk nivå, här illustrerar vi en recently publiceras strategi för att kartlägga lång RNA-beläggning Genomvid med hög upplösning ^17. Denna metod, Chromatin Isolering av RNA rening (CHIRP) (Figur 1), bygger på affinitetsinfångning av mål lncRNA: kromatin komplex med plattsättning antisense-oligonukleotider, som sedan genererar en karta över genomiska bindningsställen med en upplösning på flera hundra baser med hög känslighet och låg bakgrund. CHIRP är tillämplig på många lncRNAs eftersom utformningen av affinitets-prober är okomplicerad given RNA-sekvensen och kräver ingen kunskap om RNA: s struktur eller funktionella domäner.